Computer system storing and analyzing microbiological data

Details Computer system storing and analyzing microbiological data Computer system storing and analyzing microbiological data

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)

Patent

CA 2210731

A relational database (1) for the storage of microbiological information. The database contains cDNA sequencing data (290, 300) and coresponding match logs (510, 515) indicating a correlation between presently identified cDNA sequences and previously known sequences. In addition, a variety of the tables that make up the database are used to store historical data related to the identification of a particular cDNA sequence. Such tables include biological source data (130); cell culture and treatment data (140); mRNA preparation data (150); cDNA construction data (170); and clone preparation data. The clone preparation data further includes tables containing data relevant to inoculation (200), preparation (210), excision (190), and a fluorometer (220, 230, 240). The interrelated information in the database allows various queries to be used to extract data for scientific analysis and other applications. For example an abundance analysis may be performed by using the database of the preferred embodiment to determine the frequency a particular RNA transcript appears in a certain source tissue.

L'invention porte sur une base de données relationnelles (1) destinée à la mémorisation d'informations d'ordre microbiologique. La base de données contient des données de séquençage de l'ADN complémentaire (290, 300) et des répertoires correspondants (510, 515), indiquant une corrélation entre des séquences de l'ADNc en cours d'identification et des séquences déjà connues. On utilise, en outre, diverses tables constituant les bases de données pour mémoriser des données historiques relatives à l'identification d'une séquence particulière d'ADNc. Ces tables comportent des données sur des sources biologiques (130), des données sur la culture et le traitement de cellules (140), des données sur la production d'ARN messager (150), des données sur la construction de l'ADNc (170) ainsi que des données sur l'élaboration de clones. Celles-ci comportent, de surcroît, des tables contenant des données en rapport avec l'inoculation (200), l'élaboration (210), l'excision (190) et un fluorimètre (220, 230, 240). Les informations corrélées dans la base de données permettent d'utiliser différentes demandes pour l'extraction de données aux fins d'analyses scientifiques et pour d'autres applications. On peut, par exemple, procéder à une analyse d'abondance en faisant appel à la base de données selon le mode de réalisation préféré afin de déterminer à quelle fréquence spécifique apparaît un produit particulier de transcription de l'ARN dans une source tissulaire donnée.

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