G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) C12M 1/00 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01)
Patent
CA 2474982
A method for associating a gene with a trait exhibited by one or more organisms in a plurality of organisms from a species. A genetic marker map is constructed from a set of genetic markers associated with the plurality of organisms. For each gene in a plurality of genes, a quantitative trait locus analysis is performed using the genetic marker map and a quantitative trait. The quantitative trait locus analysis produces quantitative trait locus data. A quantitative trait comprises an expression statistic for a gene. The expression statistic for a gene is derived from a cellular constituent level that corresponds to the gene in each organism in the plurality of organisms. The quantitative trait locus data are clustered from each quantitative trait locus analysis to form a quantitative trait locus interaction map. Clusters of genes in the map are identified as a candidate pathway group. An expression cluster map is used to refine the candidate pathway group. Multivariate analysis is used to validate the candidate pathway group as a set of genes that are genetically interacting.
La présente invention concerne un procédé pour associer un gène à un caractère présenté par un ou plusieurs organismes d'une pluralité d'organismes d'une espèce. Une carte de marqueurs génétiques est établie à partir d'un ensemble de marqueurs génétiques associés à la pluralité d'organismes. Pour chaque gène d'une pluralité de gènes, une analyse de locus de caractère quantitatif est réalisée par utilisation de la carte de marqueurs génétiques et d'un caractère quantitatif. Cette analyse de locus de caractère quantitatif produit des données de locus de caractère quantitatif. Un caractère quantitatif comprend une statistique d'expression pour un gène. Cette statistique d'expression pour un gène est déduite d'un niveau de constituant cellulaire qui correspond au gène dans chaque organisme de la pluralité d'organismes. Les données de locus de caractère quantitatif sont regroupées à partir de chaque analyse de locus de caractère quantitatif, afin de former une carte d'interaction de locus de caractère quantitatif. Des groupes de gènes dans la carte sont identifiés comme groupe de voie candidat. Une carte de groupe d'expression est utilisée pour affiner le groupe de voie candidat. Une analyse à plusieurs variables est utilisée pour valider le groupe de voie candidat comme ensemble de gènes en interaction génétique.
Monks Stephanie A.
Schadt Eric E.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
Computer systems and methods for identifying genes and... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Computer systems and methods for identifying genes and..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Computer systems and methods for identifying genes and... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1903686