C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 9/16 (2006.01) A23K 1/165 (2006.01) A23L 1/305 (2006.01) A61K 38/46 (2006.01) C12P 21/02 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) A61K 38/00 (2006.01)
Patent
CA 2238613
A process for preparing a consensus protein is described. The process is characterized by the following steps: a) at least three, preferably four amino acid sequences are aligned by any standard alignment program known in the art; b) amino acids at the same position according to such alignment are compared regarding their evolutionary similarity by any standard program known in the art, whereas the degree of similarity provided by such a program which defines the least similarity of the amino acids that is used for the determination of an amino acid of corresponding positions is set to a less stringent number and the parameters are set in such a way that it is possible for the program to determine from only 2 identical amino acids at a corresponding position an amino acid for the consensus protein; however, if among the compared amino acid sequences are sequences that show a much higher degree of similarity to each other than to the residual sequences, these sequences are represented by their consensus sequence determined as defined in the same way as in the present process for the consensus sequence of the consensus protein or a vote weight of 1 divided by the number of such sequences is assigned to every of those sequences. c) in case no common amino acid at a defined position is identified by the program, any of the amino acids, preferably the most frequent amino acid of all such sequences is selected; d) once the consensus sequence has been defined, such sequence is back-translated into a DNA sequence, preferably by using a codon frequency table of the organism in which expression should take place; e) the DNA sequence is synthesized by methods known in the art and used either integrated into a suitable expression vector or by itself to transform an appropriate host cell; f) the transformed host cell is grown under suitable culture conditions and the consensus protein is isolated from the host cell or its culture medium by methods known in the art.
Description d'une méthode pour préparer une protéine consensus. La méthode comprend les étapes suivantes : a) au moins trois, préférablement quatre, séquences d'acides aminés sont alignées par n'importe quel programme d'alignement normalisé connu; b) on compare, par n'importe quel programme normalisé connu, la similarité d'évolution des acides aminés se trouvant à la même position dans cet alignement; le degré de similarité, obtenu avec un programme de ce type, qui définit la similarité minimale des acides aminés pour la caractérisation d'un acide aminé de positions correspondantes est fixé à la valeur la moins stricte et les paramètres sont établis de telle façon que le programme puisse caractériser à partir de seulement 2 acides aminés identiques, se trouvant dans des positions correspondantes, un acide aminé pour la protéine consensus; cependant, si parmi les séquences d'acides aminés comparées, il y a des séquences qui révèlent un degré de similarité beaucoup plus élevé l'une par rapport à l'autre que par rapport aux séquences résiduelles, ces séquences sont représentées par leur séquence consensus, caractérisée de la même façon que dans la présente méthode pour la séquence consensus de la protéine consensus, ou alors une pondération de 1 divisée par le nombre de ces séquences est assignée à chacune de ces séquences; c) si aucun acide aminé commun n'est caractérisé par le programme en une position donnée, n'importe lequel des acides aminés, préférablement l'acide aminé le plus fréquent de toutes ces séquences est choisi; d) une fois que la séquence consensus a été définie, cette séquence est retraduite en une séquence d'ADN, préférablement à l'aide d'une table de fréquence des codons de l'organisme chez lequel doit avoir lieu l'expression; e) la séquence d'ADN est synthétisée grâce à des méthodes connues et utilisée soit sous forme intégrée en un vecteur d'expression approprié, ou comme tel, pour transformer une cellule hôte appropriée; f) la cellule hôte transformée est soumise à des conditions de culture appropriées et la protéine consensus est isolée de la cellule hôte ou de son milieu de culture par des méthodes connues.
Dsm Ip Assets B.v.
F. Hoffmann-La Roche Ag
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