C - Chemistry – Metallurgy – 40 – B
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
40
B
C40B 30/02 (2006.01) G06F 19/20 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 40/08 (2006.01) C40B 50/00 (2006.01) C40B 50/02 (2006.01)
Patent
CA 2657448
A computer-implemented method as follows. Providing a list of target sequences associated with one or more organisms in a list of organisms. Providing a list of candidate prototype sequences suspected of hybridizing to one or more of the target sequences. Generating a collection of probes corresponding to each candidate prototype sequence, each collection of probes having a set of probes for every subsequence having a predetermined, fixed subsequence length of the corresponding candidate prototype sequence. The sets consist of the corresponding subsequence and every variation of the corresponding subsequence formed by varying a center nucleotide of the corresponding subsequence. Generating a set of fragments corresponding to each target sequence, each set of fragments having every fragment having a predetermined, fixed fragment length of the corresponding target sequence. Calculating the binding free energy of each fragment with a perfect complimentary sequence of the fragment. If any binding free energy is above a predetermined, fixed threshold, the fragment is extended one nucleotide at a time until the binding free energy is below the threshold or the fragment is the same length as the probe, generating a set of extended fragments. Determining which extended fragments are perfect matches to any of the probes. Assembling a base call sequence corresponding to each candidate prototype sequence. The base call sequence has a base call corresponding to the center nucleotide of each probe of the corresponding prototype sequence that is a perfect match to any extended fragment, but for which the other members of the set of probes containing the perfect match probe are not perfect matches to any extended fragment and a non-base call in all other circumstances.
L'invention concerne un procédé implémenté par ordinateur et comportant les étapes suivantes : fournir une liste de séquences cibles associées à un ou plusieurs organismes figurant dans une liste d'organismes ; fournir une liste de séquences prototypes candidates suspectées d'hybridation d'une ou plusieurs des séquences cibles ; générer un recueil de sondes correspondant à chaque séquence prototype candidate, chaque recueil de sondes ayant un ensemble de sondes pour chaque sous-séquence d'une longueur de sous-séquence fixe prédéterminée de la séquence prototype candidate correspondante. Les ensembles sont constitués de la sous-séquence correspondante et de chaque variation de la sous-séquence correspondante formée en modifiant un nucléotide central de la sous-séquence correspondante. Ledit procédé comporte ensuite les étapes consistant à générer un ensemble de fragments correspondant à chaque séquence cible, chaque fragment faisant partie d'un ensemble de fragments étant d'une longueur de fragment fixe et prédéterminée de la séquence cible correspondante ; à calculer l'énergie libre de liaison de chaque fragment avec une séquence parfaitement complémentaire du fragment. Si une quelconque énergie libre de liaison est au-dessus d'un seuil fixe prédéterminé, le fragment est étendu d'un nucléotide à la fois jusqu'à ce que l'énergie libre de liaison soit en-deçà du seuil ou jusqu'à ce que le fragment soit de la même longueur que la sonde, en générant un ensemble de fragments étendus. Ledit procédé comporte enfin à déterminer les fragments étendus qui correspondent parfaitement à une quelconque des sondes ; à assembler une séquence d'appel de base correspondant à chaque séquence prototype candidate. La séquence d'appel de base possède un appel de base correspondant au nucléotide central de chaque sonde de la séquence prototype correspondante qui correspond parfaitement à un quelconque fragment étendu, mais pour lequel les autres éléments de l'ensemble de sondes contenant la sonde à parfaite correspondance ne correspondent pas parfaitement à un quelconque fragment étendu et un appel non de base dans toutes les autres circonstances.
Lin Baochuan
Malanoski Anthony P.
Schnur Joel M.
Stenger David A.
Wang Zheng
Sim & Mcburney
The Government Of The United States Of America As Represented By The Se Cretary Of The Navy
LandOfFree
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