C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12Q 1/25 (2006.01)
Patent
CA 2405456
Disclosed are techniques for detection of nucleic acids, amplification of nucleic acids, or both, involving ligation by T4 RNA ligase of DNA strands hybridized to an RNA strand. These techniques are particularly useful for the detection of RNA sequences and for amplification of nucleic acids from, or dependent on, RNA sequences. It has been discovered that T4 RNA ligase can efficiently ligate DNA ends of nucleic acid strands hybridized to an RNA strand. In particular, this ligation is more efficient than the same ligation carried out with T4 DNA ligase. Thus, techniques involving ligation of DNA ends of nucleic acid strands hybridized to RNA can be performed more efficiently by using T4 RNA ligase. Many known ligation-based detection and amplification techniques are improved through the use of T4 RNA ligase acting on DNA strands or ends. Such techniques include ligase chain reaction (LCR), ligation combined with reverse transcription polymerase chain reaction (RT PCR), ligation-mediated polymerase chain reaction (LMPCR), polymerase chain reaction/ligation detection reaction (PCR/LDR), ligation-dependent polymerase chain reaction (LD-PCR), oligonucleotide ligation assay (OLA), ligation-during- amplification (LDA), ligation of padlock probes, open circle probes, and other circularizable probes, and iterative gap ligation (IGL).
L'invention concerne des techniques de détection d'acides nucléiques et d'amplification d'acides nucléiques, ou des techniques combinant les deux, impliquant la ligature, par une ligase d'ARN T4, de brins d'ADN hybridés sur un brin d'ARN. Ces techniques sont particulièrement utiles pour la détection de séquences d'ARN et pour l'amplification d'acides nucléiques provenant ou dépendant de séquence ARN. On a découvert que la ligase d'ARN T4 peut ligaturer des extrémités d'ADN de brins d'acides nucléiques hybridés sur un brin d'ARN. En particulier, cette ligature est plus efficace que la même ligature réalisée à l'aide d'une ligase d'ADN T4. Ainsi, les techniques impliquant la ligature des extrémités d'ADN de brins d'acides nucléiques hybridés sur un ARN peuvent être mise en oeuvre de manière plus efficace à l'aide de la ligase d'ARN T4. De nombreuses techniques connues d'amplification et de détection fondées sur la ligature sont améliorées grâce à l'utilisation de la ligase d'ARN T4 intervenant sur les brins ou les extrémités d'ADN. De telles techniques comprennent une réaction en chaîne par ligase (LCR), une ligature combinée à une réaction en chaîne par polymérase à transcription inversée (RT PCR), une réaction en chaîne par polymérase induite par ligature (LMPCR), une réaction de détection de ligature/réaction en chaîne par polymérase dépendant de la ligature (PCR/LDR), réaction en chaîne par polymérase dépendant de la ligature (LD-PCR), un criblage de ligature oligonucléotidique (OLA), une ligature pendant une amplification (LDA), la ligature de sondes cadenas, des sondes de molécules circulaires déroulées et d'autres sondes pouvant être acheminées, ainsi que la ligature des brèches itératives (IGL).
Molecular Staging Inc.
Qiagen Gmbh
Smart & Biggar
LandOfFree
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