C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)
Patent
CA 2298140
The present invention discloses a methodology which is directed to providing positive confirmation that nucleic acids, possessing putatively identified sequences predicted to generate observed GeneCallingTM signals, are actually present within the sample from which the signal was originally derived. The putatively identified nucleic acid fragment within the sample possesses 3'- and 5'-ends with known terminal subsequences, said method comprising: contacting said nucleic acid fragments in said sample in amplifying conditions with (i) a nucleic acid polymerase; (ii) "regular" primer oligonucleotides having sequences comprising hybridizable portions of said known terminal subsequences; and (iii) a "poisoning" oligonucleotide primer, said poisoning primer having a sequence comprising a first subsequence that is a portion of the sequence of one of said known terminal subsequences and a second subsequence that is a hybridizable portion of said putatively unidentified sequence which is adjacent to said one known terminal subsequence, wherein nucleic acids amplified with said poisoning primer are distinguishable upon detection from nucleic acids amplified with said nucleic acids amplified only with said regular primers; separating the products of the contacting step; and the detecting sequence is confirmed if the nucleic acids amplified with said poisoning primer are detected.
La présente invention concerne une méthodologie visant à permettre la confirmation formelle que des acides nucléiques, possédant des séquences identifiées de façon putative dont on sait qu'elles produisent des signaux GeneCalling?TM¿, sont effectivement présents dans l'échantillon dont on a dérivé le signal d'origine. Le fragment d'acide nucléique identifié de façon putative de l'échantillon possède des extrémités 3' et 5' à sous-séquences terminales connues. Le procédé de l'invention consiste à mettre en contact les fragments d'acide nucléique de l'échantillon, dans des conditions d'amplification, avec (i) une acide nucléique polymérase; (ii) des oligonucléotides amorces "normaux" ayant des séquences renfermant des fractions hybridables desdites sous-séquences terminales connues; et (iii) une amorce oligonucléotide "empoisonnante", ladite amorce empoisonnante ayant une séquence comprenant une première sous-séquence qui est une partie de la séquence d'une desdites sous-séquences terminales connues et une seconde sous-séquence qui est une partie hybridable de la séquence, identifiée de façon putative, adjacente à ladite sous-séquence terminale connue. On repère les acides nucléiques amplifiés à l'aide de cette amorce empoisonnante en les détectant parmi des acides nucléiques amplifiés à l'aide desdits acides nucléiques amplifiés uniquement à l'aide desdites amorces normales. Le procédé consiste enfin à séparer les produits mis en contact au cours de la première étape; et la séquence de détection est confirmée si les acides nucléiques amplifiés à l'aide de l'amorce toxique sont détectés.
Deem Michael W.
Rothberg Jonathan
Simpson John W.
Curagen Corporation
Goudreau Gage Dubuc
LandOfFree
Detection and confirmation of nucleic acid sequences by use... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Detection and confirmation of nucleic acid sequences by use..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Detection and confirmation of nucleic acid sequences by use... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1573475