Detection of alterations in a gene by long range pcr using...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01)

Patent

CA 2383857

Methods are described for detecting an alteration in a gene of interest, such as a deletion in the C4A gene (e.g., for detecting C4AQ0), by performing long range polymerase chain reaction amplification on a test sample comprising genomic DNA. The methods amplify target DNA comprising all or a portion of a human mobile element (e.g., a retroviral insert in intron 9 of the C4A gene), using primers designed such that PCR products are formed only if the test sample comprises genomic DNA comprising the alteration in the gene of interest; alternatively, the methods amplify target DNA using primers designed such that PCR products are formed only if the test sample comprises genomic DNA that does not comprise the alteration in the gene of interest. Alternatively, primers are designed such that PCR products have detectably different sizes, depending on whether or the test sample comprises genomic DNA that comprises the alteration in the gene of interest. The methods can be used to identify whether an individual is at risk for a disease or condition associated with the alteration in the gene of interest, as the presence of the alteration correlates with risk for the disease.

Cette invention se rapporte à des procédés servant à détecter une altération dans un gène d'intérêt, par exemple une délétion dans le gène C4A (notamment pour détecter C4AQ0), en effectuant une amplification du type réaction en chaîne de polymérase (PCR) longue portée sur un échantillon test comprenant un ADN génomique. Ces procédés amplifient un ADN cible comprenant la totalité ou une partie d'un élément mobile humain (par exemple un insert rétro-viral dans l'intron 9 du gène C4A) en utilisant des amorces conçues pour que les produits PCR soient formés uniquement si l'échantillon test comprend un ADN génomique comportant l'altération dans le gène d'intérêt; dans une variante, ces procédés amplifient l'ADN cible en utilisant des amorces conçues pour que les produits PCR soient formés uniquement si l'échantillon test comprend un ADN génomique qui ne comporte pas l'altération dans le gène d'intérêt. Dans une variante, les amorces sont conçues pour que les produits PCR aient des tailles différentes détectables, selon que l'échantillon test comprend ou ne comprend pas un ADN génomique comportant l'altération dans le gène d'intérêt. Ces procédés peuvent servir à identifier si un individu présente des risques de développer une maladie ou un état associé à l'altération dans le gène d'intérêt, dès lors que la présence de cette altération est à mettre en corrélation avec le risque de développer ladite maladie.

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Profile ID: LFCA-PAI-O-2005220

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