Detection of nucleic acids by fluorescence quenching

Details Detection of nucleic acids by fluorescence quenching Detection of nucleic acids by fluorescence quenching

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)

Patent

CA 2244964

Detector nucleic acids are employed for detection of nucleic acid target sequences by fluorescence quenching mechanisms. The detector nucleic acid comprises at least two oligonucleotides and is partially single-stranded and partially double-stranded. One of the two dyes of a donor/acceptor dye pair is linked to the first oligonucleotide and the other is linked to a second oligonucleotide such that they are in close spatial proximity when the first and second oligonucleotides are base-paired and donor fluorescence is quenched. A single second oligonucleotide may be hybridized to the first oligonucleotide or multiple second oligonucleotides may be hybridized to the first oligonucleotide and to each other, forming a junction structure comprising multiple donor/acceptor dye pairs. The detector oligonucleotide retains its partially single-stranded and partially double-stranded conformation in the absence of target. In the presence of target, however, the second oligonucleotide(s) of the detector nucleic acid is/are completely or partially displaced from the first, increasing the distance between the donor and acceptor dyes and causing a change in fluorescence which may be detected as an indication of the presence of the target sequence.

Des acides nucléiques détecteurs sont utilisés pour détecter des séquences d'acides nucléiques cibles par des mécanismes d'extinction de fluorescence. L'acide nucléique détecteur comprend au moins deux oligonucléotides et est en partie monocaténaire et en partie bicaténaire. Un des deux colorants d'une paire de colorants donneur/accepteur est lié au premier oligonucléotide, et l'autre est lié à un second oligonucléotide de sorte à être étroitement rapprochés lorsque le premier et le second oligonucléotides sont appariés par base et que la fluorescence du donneur est éteinte. Un second oligonucléotide seul peut s'hybrider au premier oligonucléotide ou plusieurs seconds oligonucléotides peuvent s'hybrider au premier oligonucléotide et entre eux, formant une structure de jonction comprenant plusieurs paires de colorants donneur/accepteur. L'oligonucléotide détecteur conserve sa conformation en partie monocaténaire et en partie bicaténaire en l'absence de cible. En présence de cible toutefois, le(s) second(s) oligonucléotide(s) de l'acide nucléique détecteur est(sont) complètement ou partiellement déplacé(s) du premier, accroissant la distance entre les colorants donneur et accepteur et causant un changement dans la fluorescence qui peut être interprété comme une indication de la présence de la séquence cible.

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