Detection of nucleic acids by fluorescence quenching

Details Detection of nucleic acids by fluorescence quenching Detection of nucleic acids by fluorescence quenching

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)

Patent

CA 2236616

Single-stranded signal primers are modified by linkage to two dyes which form a donor/acceptor dye pair. The two dyes are positioned in sufficiently close spatial proximity on the signal primer that the fluorescence of the first dye is quenched by the second dye. The signal primer may further comprise a restriction endonuclease recognition site (RERS) between the two dyes. As the signal primer is initially single-stranded and remains single-stranded in the absence of target, the restriction endonuclease recognition site is not cleavable or nickable by the restriction endonuclease. In the presence of target, however, signal primer and the restriction endonuclease recognition site are rendered double-stranded and cleavable or nickable by the restriction endonuclease. Cleavage or nicking separates the two dyes and a change in fluorescence due to decreased quenching is detected as an indication of the presence of the target sequence or of target sequence amplification.

Des amorces signal monobrin sont modifiées par liaison à deux colorants formant une paire de colorants donneurs/accepteurs. Les deux colorants sont positionnés suffisamment près l'un de l'autre sur l'amorce signal pour que la fluorescence du premier soit éteinte par le second. L'amorce signal peut aussi comprendre un site de reconnaissance de l'endonucléase de restriction entre les deux colorants. Comme l'amorce signal est monobrin au départ et le demeure en l'absence d'une cible, le site de reconnaissance de l'endonucléase de restriction ne peut être clivé ou coupé par l'endonucléase de restriction. En présence d'une cible, toutefois, l'amorce signal et le site de reconnaissance de l'endonucléase de restriction sont transformés en double brin et peuvent être clivés ou coupés par l'endonucléase de restriction. Le clivage ou la coupure sépare les deux colorants et on détecte un changement dans la fluorescence dû à une diminution de l'extinction qui révèle la présence de la séquence cible ou de l'amplification de la séquence cible.

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