Detection of nucleic acids using g-quartets

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C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01)

Patent

CA 2207507

Oligonucleotides which form G-quartet structures have been found to be useful influorescence assays to detect a selected nucleic acid sequence. When one end of the oligonucleotide is labeled with a donor fluorophore and the other end is labeled with an acceptor dye, the folding of the molecule in the G-quartet structure brings the donor-acceptor pair into close proximity, allowing an interaction between the two labels which results in quenching of donor fluorescence or a change in other fluorescence properties which are the result of the interaction of two dyes in close proximity. The G-quartet structure unfolds upon hybridization to its complementary sequence, increasing the distance between the two dye labels. This results in decreased donor quenching or a change in another proximity-related fluorescence parameter. The associated increase in donor fluorescence intensity or the change in another fluorescence parameter may be monitored as an indication of the presence of a selected nucleic acid sequence. Alternatively, in some cases a decrease in acceptor fluorescence may be monitored as an indication of the presence of the selected nucleic acid sequence when the acceptor is also a fluorophore.

Les oligonucléotides formant des structures G-quartet se sont révélés utiles pour les essais d'inflorescence visant à déceler une séquence d'acides nucléiques sélectionnée. Lorsqu'une extrémité de l'oligonucléotide est marquée avec un fluorophore donneur et l'autre avec un colorant accepteur, le pliage de la molécule au niveau de la structure G-quartet rapproche étroitement la paire donneur-accepteur, permettant ainsi une interaction entre les deux marqueurs, avec extinction de la fluorescence du donneur ou variation des autres propriétés de fluorescence, résultats de l'interaction de deux colorants très proches. La structure G-quartet se déplie après hybridation en sa séquence complémentaire, augmentant ainsi la distance entre les deux marqueurs. Cela entraîne une extinction moindre du donneur ou une variation d'un autre paramètre de fluorescence lié à la proximité. L'augmentation connexe de l'intensité de la fluorescence du donneur ou la variation d'un autre paramètre de fluorescence peuvent être suivies comme indication de la présence d'une séquence d'acides nucléiques sélectionnée. Dans certains cas, on peut aussi prendre la diminution de fluorescence de l'accepteur comme indication de la présence de la séquence d'acides nucléiques sélectionnée, lorsque l'accepteur est également un fluorophore.

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