C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2599146
Methods of identifying animals infected with a vvIBDV are provided. The methods comprise contacting a nucleic acid sample obtained from the animal or a nucleic acid product obtained by amplifying RNA obtained from the animal with one or more probe pairs, each of which comprises a mutation probe and an anchor probe, and then determining the melting temperature of any hybridization complex that is formed when the one or more probe pairs hybridize with a nucleic acid in the sample. Such determination is made using FRET analysis. In one embodiment the mutation probe comprises a sequence identical to a first mutated target sequence of SEQ ID NO: 1 in which the cytosine at position 827 is substituted with a thymidine, the cytosine at position 830 is substituted with a thymidine, and the thymidine at position 833 is substituted with a cytosine, or the reverse complement thereof. In another embodiment, the mutation probe comprises a sequence identical to a second mutated target sequence of SEQ ID NO: 1 in which the guanine at position 897 is substituted with an adrenine, the cytosine at position 905 is substituted with a thymidine, and the cytosine at position 908 is substituted with an thymidine. Also, provided herein are kits containing nucleotide probe pairs that can be used in the present methods.
L'invention concerne des procédés d'identification d'animaux infectés par le vvIBDV. Ces procédés consistent à mettre en contact un échantillon d'acide nucléique obtenu d'un animal ou d'un produit d'acide nucléique obtenu par amplification d'ARN obtenu d'un animal avec une ou plusieurs paires de sondes, chacune desquelles comportant une sonde de mutation et une sonde d'ancrage, puis à déterminer la température de fusion des complexes d'hybridation formés lorsqu'une ou plusieurs paires de sondes et hybridée avec un acide nucléique dans l'échantillon. Cette détermination est réalisée au moyen d'une analyse FRET. Dans l'un des modes de réalisation, la sonde de mutation comprend une séquence identique à la première séquence cible mutée de SEQ ID NO: 1 dans laquelle la cytosine en position 827 est substituée par de la thymidine, la cytosine en position 830 est substituée par une thymidine, et la thymidine en position 833 est substituée par une cytosine, ou son complément inverse. Dans un autre mode de réalisation, la sonde de mutation comprend une séquence identique à une seconde séquence cible mutée de SEQ ID NO: 1 dans laquelle la guanine en position 897 est substituée par une adréinine, la cytosine en position 905 est substituée par une thymidine, et la cytosine en position 908 est substituée par une thymidine. L'invention concerne également des nécessaires contenant des paires de sondes nucléotides pouvant être utilisées dans les présents procédés.
Blake Cassels & Graydon Llp
The Ohio State University Research Foundation
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1535934