G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) G01N 30/72 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2477621
Peptide mass mapping is a technique whereby masses determined from mass spectrometry of a protein digest are compared to the masses of theoretical peptides derived from a reference protein, specified as an amino-acid sequence. In some cases differences between experimental and theoretical masses can be accounted for by chemical modifications of the actual protein with respect to the reference, often as a result of post-translational modification (PTM). Typically such modifications are applicable to specific sets of amino-acid residues. Analysis of these mass differences can therefore lead to identification of PTMs. In various cases, it is desirable that such analysis in general allow for the possibility of a peptide having several different PTMs, and furthermore it is desirable in various cases that the chemical compatibility of a putative combination of PTMs with the peptide sequence be verified. Embodiments are described herein wherein compatibility verification is formulated as a problem in graph theory. Theory and implementation of a solution are discussed and described.
La cartographie de masse de peptides est une technique dans laquelle des masses déterminées par spectrométrie de masse d'une digestion de protéine sont comparées à des masses de peptides théoriques dérivées d'une protéine de référence spécifiée sous forme d'une séquence aminoacide. Dans certains cas, les différences entre les masses expérimentales et théoriques peuvent être représentées par des modifications chimiques de la protéine réelle par rapport à la protéine de référence, souvent sous forme de résultat de modification post-translationelle (PTM). En général, ces modifications s'appliquent à des ensembles de résidus aminoacides. L'analyse de ces différences de masse peut conduire à l'identification de PTM. Dans des cas variés, il est souhaitable que l'analyse permette de manière générale à un peptide de subir différentes PTM, et que la compatibilité chimique d'une combinaison de PTM avec la séquence peptique soit vérifiée. Dans des modes de réalisation, la vérification de compatibilité est formulée sous forme de formulation théorique graphique. L'invention concerne également la théorie et la mise en oeuvre d'une solution.
Breu Heinz
Keating Sean
Applera Corporation
Sim & Mcburney
LandOfFree
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