C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G01N 37/00 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2359898
A computational method system, and computer program are provided for inferring functional links from genome sequences. One method is based on the observation that some pairs of proteins A' and B' have homologs in another organism fused into a single protein chain AB. A trans-genome comparison of sequences can reveal these AB sequences, which are Rosetta Stone sequences because they decipher an interaction between A' and B. Another method compares the genomic sequence of two or more organisms to create a phylogenetic profile for each protein indicating its presence or absence across all the genomes. The profile provides information regarding functional links between different families of proteins. In yet another method a combination of the above two methods is used to predict functional links.
La présente invention concerne un système de méthode de calcul et un programme d'ordinateur permettant d'interpréter des liens fonctionnels à partir de séquences génomiques. Une méthode est basée sur l'observation que certaines paires de protéines A' et B' présentent des homologues dans un autre organisme fusionnés en une chaîne protéique unique AB. Une comparaison transgénomique des séquences peut révéler ces séquences AB, qui sont des séquences Rosetta Stone car elles décodent une interaction entre A' and B. Une autre méthode permet de comparer la séquence génomique de deux ou de plusieurs organismes afin de créer un profil phylogénétique pour chaque protéine qui indique sa présence ou son absence dans tous les génomes. Le profil permet d'obtenir une information concernant des liens fonctionnels entre différentes familles de protéines. Dans une autre méthode, une combinaison des deux méthodes ci-dessus permet de prédire des liens fonctionnels.
Eisenberg David
Grothe Robert
Marcotte Edward
Pellegrini Matteo
Thompson Michael
Regents Of The University Of California
Smart & Biggar
LandOfFree
Determining protein function and interaction from genome... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Determining protein function and interaction from genome..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Determining protein function and interaction from genome... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1629841