C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2721446
The invention provides methods for identifying early stage non-small cell lung cancer (NSCLC) patients who will have a favorable prognosis for the recurrence of lung cancer after surgical resection. The invention is based on the discovery that assessment of chromosomal copy number abnormalities at two or more of chromosome 5p15, 7p12, 8q24 and centromere 6 can be used for prognostic classification. The invention preferably uses fluorescence in situ hybridization with fluorescently labeled nu-cleic acid probes to hybridize to patient samples to quantify the chromosomal copy number of the these genetic loci. Assessment of the copy number abnormality patterns using four classifiers produced statistically significant prognostic classification for NSCLC: (i) the Range3 pattern of cells showing a difference on a cell by cell basis, of at least three FISH probe signals between the FISH signals at the chromosomal locus with the largest number of FISH signals minus the FISH signals at the chromosomal locus with the lowest number of FISH signals; (ii) the MYC/EGFR % loss pattern assessing the percentage of cells showing fewer MYC FISH probe signals than EGFR FISH probe signals; (iii) a combination of the Range3 pattern and the MYC/CEP6 ratio pat-tern of a percentage of cells showing a relative loss of MYC FISH probe signals to the FISH probe signal for CEP6; (iv) the com-bination of the WC/5p15 ratio pattern showing the relative ratio of MYC and 5p15 locus signals of =0.80 and the 5p15/CEP6 ratio pattern assessing percentage of cells having a relative ratio of 5p15 FISH probe signals to CEP6 FISH probe signals =1.1 versus MYC/5p15 ratio of <0.80 or 5p15/CEP6 <1.1; and (v) a combination of the average range of probe signal differences of equal to or greater than about 2.5 with the Range3 pattern in a percentage of the cells. The invention can be used to identify those early stage NSCLC patients at higher risk of recurrence who should be treated with neoadjuvant chemotherapy before surgery or with adjuvant chemotherapy after surgery.
Linvention concerne des méthodes permettant didentifier les patients souffrant dun cancer du poumon à grandes cellules à un stade précoce (NSCLC) pour lesquels le pronostic en matière de récidive après exérèse chirurgicale est favorable. Linvention se fonde sur la découverte que lévaluation des anomalies de nombre de copies chromosomiques sur au moins deux des chromosomes 5p15, 7p12, 8q24 et du centromère 6 peut être utilisée dans la classification pronostique. Linvention met en uvre de préférence lhybridation in situ fluorescente avec des sondes dacides nucléiques marquées par fluorescence pour hybrider des échantillons provenant de patients afin de quantifier le nombre de copies chromosomiques de ces loci génétiques. Lévaluation des modèles danomalies de nombre de copies au moyen de quatre classificateurs a permis dobtenir une classification pronostique importante du point de vue statistique pour le cancer du poumon à grandes cellules (NSCLC) : (i) le modèle Range3 de cellules présentant une différence cellule par cellule dau moins trois signaux de sonde FISH entre les signaux FISH sur le locus chromosomique présentant le plus grand nombre de signaux FISH moins les signaux FISH sur le locus chromosomique présentant le plus petit nombre de signaux FISH ; (ii) le modèle de pourcentage de perte MYC/EGFR permettant dévaluer le pourcentage de cellules présentant moins de signaux de sonde MYC FISH que de signaux de sonde EGFR FISH ; (iii) une combinaison du modèle Range3 et du modèle de rapport MYC/CEP6 dun pourcentage de cellules présentant une perte relative de signaux de sonde MYC FISH par rapport au signal de sonde FISH pour CEP6 ; (iv) la combinaison du modèle de rapport MYC/5p15 présentant un rapport relatif de MYC et de signaux de locus 5p15 de =0,80 et du modèle de rapport 5p15/CEP6 évaluant le pourcentage de cellules présentant un rapport relatif de signaux de sonde 5p15 FISH par rapport aux signaux de sonde CEP6 FISH de =1,1 contre un rapport MYC/5p15 de <0,80 ou 5p15/CEP6 <1,1 ; et (v) une combinaison de la plage moyenne de différences de signaux de sonde égale ou supérieure à environ 2,5 et du modèle Range3 dans un pourcentage des cellules. La présente invention peut servir à identifier les patients souffrant dun cancer du poumon à grandes cellules à un stade précoce qui présentent un risque supérieur de récidive et qui doivent être traités par chimiothérapie néoadjuvante avant lintervention chirurgicale ou par chimiothérapie adjuvante après lintervention chirurgicale.
Coon John
Morrison Larry E.
Abbott Laboratories
Mbm Intellectual Property Law Llp
LandOfFree
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