C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12N 15/00 (2006.01)
Patent
CA 2306907
Flow cytometric DNA base mismatch detection. The use of immobilized mismatch- binding protein-coated microspheres to bind fluorescently labeled, mismatch- containing DNA for detection by flow cytometry is described. The genomic DNA of interest is made fluorescent by one of a number of techniques. The resulting fluorescent DNA is melted and allowed to reanneal. If the genomic sample contains a polymorphic site, the reannealed DNA will contain base mismatches. Microspheres bearing immobilized mismatch-binding protein are added to the DNA samples and the mismatch-containing DNA allowed to bind to the mismatch-binding proteins. The sample is then analyzed by flow cytometry to detect the fluorescent DNA bound to the microspheres. The present flow- cytometric method for mutation scanning has several important features: it is a single step, no wash assay, capable of rapid and sensitive analysis. It will allow amplified regions to be rapidly scanned for the presence of polymorphisms to prioritize samples for complete sequencing or to detect mutations in known regions of the genome.
L'invention concerne la détection de mésappariements de bases d'ADN par cytométrie de flux. L'invention concerne également l'utilisation de microsphères immobilisées fixatrices de mésappariements et pourvues d'une coque protéinique de manière à fixer de l'ADN coloré par des marqueurs fluorescents et contenant des mésappariements de bases pour permettre une détection par cytométrie de flux. On amène à fluorescence l'ADN génomique concerné au moyen d'une technique particulière. On fond l'ADN fluorescent obtenu et on le laisse s'hybrider à nouveau. Si l'échantillon génomique contient un site polymorphe, l'ADN hybridé une nouvelle fois contiendra des mésappariements de bases. On ajoute aux échantillons d'ADN des microsphères portant une protéine immobilisée fixatrice de mésappariements et on laisse l'ADN contenant des mésappariements de bases se fixer aux protéines fixatrices de mésappariements. On analyse ensuite l'échantillon par cytométrie de flux de manière à détecter l'ADN fluorescent fixé aux microsphères. Le présent procédé d'utilisation de cytométrie de flux pour examiner des mutations comporte plusieurs caractéristiques importantes: il n'est constitué que d'une seule étape, sans essai de lavage, et permet une analyse rapide et sensible. Il permettra l'examen rapide de régions amplifiées afin de détecter la présence de polymorphismes de manière à donner la priorité à certains échantillons pour un séquençage complet ou pour détecter des mutations dans des régions connues du génome.
Cai Hong
Nolan John P.
White P. Scott
Finlayson & Singlehurst
The Regents Of The University Of California
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1897929