C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01)
Patent
CA 2218017
Method and compositions are provided for analyzing nucleic acid sequences based on repeated cycles of duplex extension along a single-stranded template. Preferably, such extension starts from a duplex formed between an initializing oligonucleotide and the template. As illustrated in the figure, the initializing oligonucleotide is extended in an initial extension cycle by ligating an oligonucleotide probe to its end to form an extended duplex. The extended duplex is then repeatedly extended by subsequent cycles of ligation. During each cycle, the identity of one or more nucleotides in the template is determined by a label on, or associated with, a successfully ligated oligonucleotide probe. The invention provides a method of sequencing nucleic acid which obviates electrophoretic separation of similarly sized DNA fragments, and which eliminates the difficulties associated with the detection and analysis of spacially overlapping bands of DNA fragments in a gel or like medium. The invention also obviates the need to generate DNA fragments from long single-stranded templates with a DNA polymerase.
Procédé et compositions permettant l'analyse de séquences d'acide nucléique fondés sur des cycles répétés d'extension duplex le long d'une matrice monocaténaire. De préférence, cette extension part d'un duplex formé entre un oligonucléotide d'initialisation et la matrice. Comme le montre la figure, l'oligonucléotide d'initialisation est prolongé par un cycle d'extension initial par la ligature d'une sonde d'oligonucléotide à son extrémité de façon à former un duplex étendu. Le duplex étendu est alors prolongé à nouveau par des cycles successifs de ligature. Au cours de chaque cycle, l'identité d'un ou de plusieurs nucléotides dans la matrice est déterminée par un marqueur placé sur une sonde d'oligonucléotide ligaturée de façon réussie, ou associé à une telle sonde. Ce procédé permet de séquencer l'acide nucléique sans recourir à la séparation par électrophorèse de fragments d'ADN de taille semblable, et élimine les difficultés liées à la détection et à l'analyse de bandes spatialement chevauchantes de fragments d'ADN dans un gel ou un milieu similaire. L'invention élimine également la nécessité de produire des fragments d'ADN à partir de matrices monocaténaires longues à l'aide d'une ADN polymérase.
Gowling Lafleur Henderson Llp
Lynx Therapeutics Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1649657