Double-stranded conformational polymorphism analysis

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2236675

Double-stranded conformational polymorphism analysis is performed by combining a probe comprising a cross-linking agent and optionally a label with a sample having a target sequence, which may be complementary or have one or a few mismatches with respect to the probe sequence. After sufficient time for hybridization under mild or lesser stringency conditions, hybridized pairs are irradiated to induce cross-link formation by the cross-linking agent. The sample is then analyzed by denaturing gel electrophoresis where the rate of migration depends upon the degree of complementarity between the probe and the target. For corroboration, in a second experiment, the probe may be combined with the sample under high stringency conditions, where it is found that the formation of cross-linked probe/target is substantially lower for pairs having mismatches than for fully matched pairs. After cross-linking, the sample may be separated by gel electrophoresis, and the amount of cross-linked nucleic acid determined.

L'analyse des conformations polymorphiques à double brin peut se faire par combinaison d'une sonde comprenant un agent de réticulation, et éventuellement un marqueur, avec un échantillon présentant une séquence cible complémentaire de la séquence de la sonde ou présentant un ou quelques mésappariements avec elle. Après un temps suffisant pour permettre l'hybridation, dans des conditions douces ou peu rigoureuses, les paires hybridées sont irradiées pour entraîner la formation de réticulations par l'agent réticulant. L'échantillon est alors analysé par électrophorèse sur gel dénaturant, le taux de migration dépendant du degré de complémentarité entre la sonde et la cible. Dans une deuxième expérience corroborante, la sonde peut être combinée à l'échantillon dans des conditions très rigoureuses où il se trouve que la formation de sondes/cibles réticulées est sensiblement moindre pour les paires mésappariées que pour les paires parfaitement appariées. Après réticulation, les échantillons peuvent être séparés par électrophorèse sur gel pour permettre d'évaluer la quantité d'acide nucléique réticulé.

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