Enhanced protein separation and analysis

Details Enhanced protein separation and analysis Enhanced protein separation and analysis

G - Physics

01

N

G01N 33/48 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01)

Patent

CA 2440323

Methods for enhancing separation and analysis of biological molecules, particularly proteins, and for characterizing tissue, cell, and subcellular (e.g., organelle) expressed protein profiles (proteomes or protein fingerprints) are disclosed. Multi-dimensional diagrams that illustrate the characteristics of the proteins in a sample, based at least in part on interactions between proteins in the system can be produced. In certain embodiments, the diagrams are three-dimensional and incorporate information on protein-protein interactions, protein charge, and protein size for substantially all of the protein species in the sample. Also described are methods of using the provided multi-dimensional diagrams to detect changes in biological systems that are for instance due to disease, drug treatment, environmental condition, and so forth. Methods are provided for correlating changes in three-dimensional proteomic diagrams to disease diagnosis and prognosis, toxicology, therapeutic compound (e.g., drug or hormone) efficacy and mode of action, and drug design.

L'invention concerne des méthodes permettant d'améliorer la séparation et l'analyse de molécules biologiques, notamment de protéines, et de caractériser un tissu, une cellule, et des profils sous-cellulaires (par exemple, une organite) de protéine exprimée (protéomes ou empreinte protéique). Il est possible de produire des diagrammes multidimensionnels illustrant les caractéristiques des protéines dans un échantillon en fonction, au moins partiellement, des interactions entre les protéines du système. Dans certains modes de réalisation, les diagramme sont tridimensionnels et incorporent des informations sur les interactions protéine-protéine, la charge protéique, la taille de protéine pour sensiblement toutes les espèces de protéine de l'échantillon. L'invention concerne également des méthodes utilisant les diagrammes tridimensionnels pour détecter des changements dans les systèmes biologiques dus par exemple, à une maladie, à un traitement par des médicaments, à des conditions environnementales, et etc.. L'invention concerne enfin des méthodes permettant de corréler des changements dans des diagrammes protéomiques tridimensionnels avec un diagnostic et un pronostic de maladie, une toxicologie, l'efficacité d'un composé thérapeutique (par exemple, médicament ou hormone) et son mode d'action, et la conception de médicaments.

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