C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06F 17/40 (2006.01)
Patent
CA 2328881
A method of analyzing DNA fragments separated electrophoretically is presented. The method includes the use of an expert system that interprets raw or preprocessed signal from the separation. The expert system can be used for real-time base-calling, or applied offline after data acquisition is complete. The expert system is directly applicable to all types of electrophoretic separation used for DNA sequencing, i.e. slab gel, capillary and microchip. Each lane of a multiplex system can consist of 1 to 4 (or even more) different fragment labels. The expert system may also be used with other base-coding schemes, such as those in which more than one base is labeled with a given dye, but the amount of label is different for each base. When the presently disclosed method is applied to DNA sequencing, the resulting interpretation comprises a DNA base sequence with numerical confidences assigned to each base. By use of the presently disclosed method the degree of automation of data processing in high-throughput DNA sequencing is improved, as is the quality of the results.
L'invention porte sur un procédé d'analyse de fragments d'ADN séparés par électrophorèse recourant à un système expert qui interprète les rangées ou le signal prétraité provenant de la séparation. Ledit système expert, qui s'utilise en temps réel par appel des bases ou en temps décalé après achèvement de l'acquisition des données, s'applique directement à tout type de séparation par électrophorèse (sur gel en plaque, capillaire ou à micropuce) utilisé pour le séquençage d'ADN. Chaque couloir d'un système multiplex peut comporter de 1 à 4 marqueurs de fragments ou même plus. Le système expert peut également s'utiliser avec d'autres schémas à codage des bases tels que ceux où une plus d'une base est marquée d'une couleur donnée, mais où la quantité de marqueurs diffère d'une base à l'autre. Lorsqu'on applique ledit procédé au séquençage d'ADN l'interprétation résultante consiste en une séquence de bases d'ADN dont chaque base est assortie d'une fiabilité numérique. L'utilisation de ce procédé améliore le niveau d'automatisation du traitement des données lors de séquençages à fort débit ainsi que la qualité des résultats.
Karger Barry L.
Miller Arthur W.
Northeastern University
Ridout & Maybee Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1549224