Expression quantification using mass spectrometry

Details Expression quantification using mass spectrometry Expression quantification using mass spectrometry

G - Physics

01

N

G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2567459

In various aspects, the present teachings provide systems, methods, assays and kits for the absolute quantitation of protein expression. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the concentration of one or more proteins of interest in one or more samples of interest. In various aspects, the present teachings provide methods of determining the absolute concentration of one or more isoforms of a protein using standard samples of signature protein fragments and parent-daughter ion transition monitoring (PDITM). In various embodiments, the absolute concentration of multiple isoforms of a biomolecule in a sample, multiple proteins in a biological process, a combination of multiple samples, or combinations thereof, can be determined in a multiplex fashion using the present teachings. In various aspects, provided are methods of assessing the response of a biological system to a chemical agent.

Dans des aspects variés de l'invention, l'invention concerne des systèmes, des méthodes, des bioanalyses et des trousses pour la quantification absolue d'une expression protéinique. Dans des aspects variés de l'invention, l'invention concerne des méthodes destinées à déterminer la concentration d'au moins une protéine à examiner dans au moins un échantillon. Dans des aspects variés de l'invention, l'invention concerne des méthodes destinées à déterminer la concentration absolue d'au moins un isoforme d'une protéine au moyen d'échantillons standards de fragments protéiniques de signature et d'une surveillance de transition ionique parent/enfant (PDITM). Dans des modes de réalisation variés de l'invention, la concentration absolue des isoformes multiples d'une biomolécule d'un échantillon, plusieurs protéines d'un procédé biologique, une combinaison de plusieurs échantillons, ou des combinaisons de ceux-ci, peuvent être déterminées de manière multiplex, en faisant appel aux méthodes de l'invention. Dans des aspects variés de l'invention, l'invention concerne des méthodes permettant d'évaluer la réponse d'un système biologique par rapport à un agent chimique.

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