C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01) C12P 21/00 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01) G01N 21/64 (2006.01)
Patent
CA 2692159
Provided are methods for labeling transfer RNA comprising replacing the uracil component of a dihydrouridine of said transfer RNA with a fluorophore. The disclosed methods may comprise fluorescent labeling of natural tRNAs (i.e., tRNAs that have been synthesized in a cell, for example, in a bacterium, a yeast cell, or a vertebrate cell) at dihydrouridine (D) positions, or fluorescent labeling of synthetic tRNAs. In another aspect, the present invention provides methods for assessing protein synthesis in a translation system comprise providing a tRNA having a fluorophore substitution for the uracil component of a dihydrouridine in a D loop of the tRNA; introducing the labeled tRNA into the translation system; irradiating the translation system with electromagnetic radiation, thereby generating a fluorescence signal from the fluorophore; detecting the fluorescence signal; and, correlating the fluorescence signal to one or more characteristics of the protein synthesis in the translation system. The disclosed methods are useful in single molecule as well as in ensemble settings.
L'invention concerne des procédés pour marquer un ARN de transfert comprenant le remplacement du composant uracile d'une dihydro-uridine de l'ARN de transfert par un fluorophore. Les procédés selon l'invention peuvent comprendre un marquage fluorescent d'ARNt naturels (c'est-à-dire des ARNt qui ont été synthétisés dans une cellule, par exemple dans une bactérie, une cellule de levure, ou une cellule de vertébré) sur des positions de dihydro-uridine (D), ou un marquage fluorescent d'ARNt synthétiques. Selon un autre aspect, la présente invention concerne des procédés pour évaluer une synthèse de protéine dans un système de traduction, qui comprend les étapes consistant à fournir un ARNt présentant une substitution de fluorophore pour le composant uracile d'une dihydro-uridine dans une boucle D de l'ARNt ; introduire l'ARNt marqué dans le système de traduction ; irradier le système de traduction avec un rayonnement électromagnétique, et générer ainsi un signal de fluorescence depuis le fluorophore ; détecter le signal de fluorescence ; et corréler le signal de fluorescence avec une ou plusieurs caractéristiques de la synthèse de protéine dans le système de traduction. Les procédés selon l'invention sont utiles pour des réglages de molécule unique ainsi que pour des réglages d'ensemble.
Cooperman Barry S.
Goldman Yale E.
Pan Dongli
Smilansky Ze'ev
Anima Cell Metrology
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
The Trustees Of The University Of Pennsylvania
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1805894