C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 15/10 (2006.01) G06F 17/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2405520
The invention relates to improved methods for directed evolution of polymers, including directed evolution of nucleic acids and proteins. Specifically, the methods of the invention include analytical methods for identifying "crossover locations" in a polymer. Crossovers at these locations are less likely to disrupt desirable properties of the protein, such as stability or functionality. The invention further provides improved methods for directed evolution wherein the polymer is selectively recombined at the identified "crossover locations". Crossover disruption profiles can be used to identify preferred crossover locations. Structural domains of a biopolymer can also be identified and analyzed, and domains can be organized into schema. Schema disruption profiles can be calculated, for example based on conformational energy or interatomic distances, and these can be used to identify preferred or candidate crossover locations. Computer systems for implementing analytical methods of the invention are also provided.
La présente invention concerne des perfectionnements apportés à des procédés d'évolution dirigée de polymères, et notamment d'acides nucléiques et de protéines. L'invention concerne plus particulièrement des méthodes d'analyse servant à repérer dans un polymère des emplacements à croisement. Dans ces emplacements, les croisements sont moins susceptibles de faire disparaître des propriétés intéressantes de la protéine telles que stabilité et fonctionnalité. L'invention concerne également des perfectionnements apportés à des procédés d'évolution dirigée par recombinaison sélective du polymère au niveau des emplacements à croisement repérés. On utilise à cet effet des profils à interruption des croisements pour repérer des emplacements à croisements préférés, ce qui permet de repérer et d'analyser les domaines structuraux d'un biopolymère et de les organiser en schémas. Grâce à un calcul des profils d'interruption des schémas à partir notamment de l'énergie conformationnelle ou des distances interatomiques, on arrive à repérer des candidats emplacements à croisement ou des emplacements à croisement préférés. L'invention concerne enfin des systèmes informatiques de mise en oeuvre des méthodes d'analyse de l'invention.
Arnold Frances H.
Mayo Stephen L.
Voigt Christopher A.
Wang Zhen-Gang
California Institute Of Technology
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1380930