C - Chemistry – Metallurgy – 07 – K
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
07
K
C07K 7/06 (2006.01) C07K 14/16 (2006.01) G01N 33/569 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) A61K 39/00 (2006.01)
Patent
CA 2397998
The present invention relates to the identification of CTL epitopes by the combination of biochemical assays, statistical matrix calculations, and artificial neural networks. A set of peptide libraries are used to generate complete unbiased matrices representing peptide-MHC interactions used to generate a primary prediction of MHC binding for all possible non-redundant peptides. The best binders are subject to a quantitative biochemical binding assay and subsequently a computerised artificial neural network prediction program built from these in vitro experimental MHC-I binding data. The method further comprises improving the identified epitope by replacing amino acids, and testing the identified CTL epitopes in in vitro and in vivo models. Thus, one aspect of the invention relates to the identification of a CTL component of a vaccine and the development of said CTL component. Another aspect of the invention relates to the identified epitopes of said CTL component.
L'invention concerne l'identification d'épitopes CTL par la combinaison de dosages biochimiques, de calculs de matrices statistiques et de réseaux neuronaux artificiels. Un ensemble de banques de peptides est utilisé pour générer des matrices complètement exemptes de distorsions et représentant des interactions peptide-CMH utilisées pour générer une première prédiction de liaison CMH pour tous les peptides possibles non-redondants. Les meilleurs liants font l'objet d'un dosage de liaison biochimique quantitative et, par voie de conséquence, d'un programme de prédiction informatisé basé sur des réseaux neuronaux artificiels et réalisé à partir de ces données de liaison expérimentales CMH-I in vitro. Le procédé comprend en outre l'amélioration de l'épitope identifié par le remplacement d'acides aminés, et les tests des épitopes CTL identifiés dans des modèles in vitro et in vivo. Ainsi, une partie de l'invention concerne l'identification d'un composant CTL d'un vaccin et le développement dudit composant CTL. Ladite invention concerne également les épitopes identifiés dudit composant CTL.
Brunak Soren
Buus Soren
Corbet Sylvie
Fomsgaard Anders
Hansen Jan
Sim & Mcburney
Statens Serum Institut
LandOfFree
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