C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2404174
A method for detecting specific DNA sequences and discriminating single nucleotide polymorphisms (SNPs) using fluorescently labelled oligonucleotide probes is disclosed. Oligonucleotide probes are labelled with a reporter molecule preferentially attached to an internal nucleotide residue. The fluorescence emission of oligonucleotide probes varies significantly when in single-stranded and double-stranded states despite the absence of quencher moieties, allowing reliable detection of complementary DNA targets. The melting temperature of probe/target duplexes permits discrimination of targets that differ by as little as a single nucleotide residue, such that polymorphic targets may be discriminated by fluorescence quantitation and Tm. The hybridisation probes of this invention have been demonstrated to accurately identify homozygous and heterozygous samples using a single fluorescent oligonucleotide and direct investigation of saliva with hybridisation probes permits ultra-rapid genotypic analysis within 35-40 minutes. Target detection and SNP discrimination assays have been achieved in homogeneous, heterogeneous, 'real-time' and solid-phase formats.
L'invention concerne une méthode de détection de séquences d'ADN spécifiques et de discrimination de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) utilisant des sondes oligonucléotidiques à marquage fluorescent. Les sondes oligonucléotidiques sont marquées à l'aide d'une molécule reporter attachée préférentiellement à un résidu nucléotidique interne. L'émission fluorescente de sondes oligonucléotidiques varie considérablement dans des états monocaténaires et bicaténaires, malgré l'absence de groupes fonctionnels d'extinction, permettant la détection fiable de cibles d'ADN complémentaires. La température de fusion de doubles hélices sonde/cible permet la discrimination de cibles qui diffèrent d'aussi peu que d'un résidu mononucléotidique, de sorte que des cibles polymorphes peuvent être discriminées par quantification fluorescente et Tm. Selon l'invention, il est démontré que les sondes d'hybridation identifient avec précision des échantillons homozygotes et hétérozygotes en utilisant un oligonucléotide à fluorescence simple, et l'analyse directe de la salive à l'aide des sondes d'hybridation permet une analyse génotypique ultra-rapide en 35-45 minutes. Les dosages de détection de cibles et discrimination SNP ont été réalisés en 'temps réel 'homogène hétérogène, et dans des formats en phase solide.
Brown Tom
French David John
Mcdowell David Gordon
Bereskin & Parr Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
Lgc (teddington) Limited
Lgc Limited
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1958402