C - Chemistry – Metallurgy – 07 – H
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
07
H
C07H 21/00 (2006.01) C07H 19/23 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2329135
Conjugates between a minor groove binding molecule, such as the trimer of 1,2- dihydro-(3H)-pyrrolo[3,2-e]indole-7-carboxylate (CDPI3), and an oligonucleotide form unusually stable hybrids with complementary target sequences, in which the tethered CDPI3 group resides in the minor groove of the duplex. These conjugates can be used as probes and primers. Due to their unusually high binding affinity, conjugates as short as 8-mers can be used as amplification primers with high specificity and efficiency. MGB conjugation also increases the discriminatory power of short oligonucleotides, providing enhanced detection of nucleotide sequence mismatches by short oligonucleotides. The MGB-conjugated probes and primers described herein facilitate various analytic and diagnostic procedures, such as amplification reactions, PCR, detection of single-nucleotide polymorphisms, gene hunting, differential display, fluorescence energy transfer, hydrolyzable probe assays and others; by allowing the use of shorter oligonucleotides, which have higher specificity and better discriminatory power.
L'invention concerne des conjugués entre une molécule de liaison de petits sillons (molécule MGB) tel que le trimère de 1,2-dihydro-(3H)-pyrrolo[3,2-e]indole-7-carboxylate (CDPI¿3?), et un oligonucléotide, qui forment des hybrides étonnamment stables possédant des séquences cibles complémentaires dans lesquelles le groupe attaché CDPI¿3? reste dans le petit sillon du duplex. Ces conjugués peuvent s'utiliser comme des sondes ou comme des amorces. Grâce à leur affinité de liaison étonnamment élevée, des conjugués aussi courts que des 8-mères peuvent être utilisés en tant qu'amorces d'amplification avec une spécificité et une efficacité élevées. La conjugaison MGB augmente également la puissance discriminatoire des oligonucléotides courts et assure une meilleure détection des défauts de complémentarité des séquences nucléotidiques par des oligonucléotides courts. Les sondes et amorces conjugués à MGB, décrits dans l'invention, facilitent diverses procédures diagnostiques et analytiques, par exemple, les réactions d'amplification, la réaction PCR, la détection des polymorphismes isolés de nucléotides uniques, "la chasse au gène", l'affichage différentiel, le transfert d'énergie par fluorescence, les dosages de sondes hydrolysables, etc., et ce grâce à la possibilité d'utiliser des oligonucléotides plus courts qui possèdent une spécificité plus élevée et un meilleur pouvoir de discrimination.
Afonina Irina A.
Belousov Evgeniy S.
Hedgpeth Joel
Kutyavin Igor V.
Lukhtanov Eugeny A.
Epoch Biosciences Inc.
Fetherstonhaugh & Co.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2055004