Hybridization-based biosensor containing hairpin probes and...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/70 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/04 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 70/00 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01)

Patent

CA 2511874

A sensor chip that includes: a fluorescence quenching surface; a nucleic acid probe that contains first and second ends with the first end bound to the fluorescence quenching surface, a first region, and a second region complementary to the first region, the nucleic acid probe having, under appropriate conditions, either a hairpin conformation with the first and second regions hybridized together or a non-haipin conformation; and a first fluorophore bound to the second end of the first nucleic acid molecule. When the first nucleic acid molecule is in the hairpin conformation, the fluorescence quenching surface substantially quenches fluorescent emissions by the first fluorophore; and when the first nucleic acid molecule is in the non- harpin conformation, fluorescent emissions by the fluorophore are substantially free of quenching by the fluorescence quenching surface. Various nucleic acid probes, methods of making the sensor chip, biological sensor devices that contain the sensor chip, and their mehtods of use are also disclosed.

Un cristal capteur comprend: une surface d'extinction de fluorescence, une sonde d'acide nucléique qui contient une première et une seconde extrémité, la première extrémité étant liée à la surface d'extinction de fluorescence, une première région et une seconde région complémentaire de la première région. La sonde d'acide nucléique possède, dans les conditions appropriées, soit une conformation d'épingle à cheveux avec le première et la seconde région hybridées entre elles, soit une conformation qui n'est pas celle d'une épingle à cheveux. Ce cristal comprend aussi un premier fluorophore lié à la seconde extrémité de la première molécule d'acide nucléique. Lorsque la première molécule d'acide nucléique possède une conformation d'épingle à cheveux, la surface d'extinction de fluorescence éteint sensiblement les émissions fluorescentes du premier fluorophore et, lorsque la première molécule d'acide nucléique ne possède pas de conformation d'épingle à cheveux, les émission fluorescentes du fluorophore sont sensiblement exempts d'extinction par la surface d'extinction de fluorescence. Cette invention concerne aussi diverses sondes d'acide nucléique, des procédés de fabrication de ce cristal capteur, des dispositifs capteur biologique qui contiennent ce cristal capteur et les procédés d'utilisation de ceux-ci.

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