C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 15/81 (2006.01) C12N 1/19 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12N 15/62 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2257958
Disclosed are methods of detecting protein-protein interactions among two populations of proteins, wherein each protein population has a complexity of at least 1,000. Fusion proteins of each population are expressed in yeast cells of opposite mating types. The fusion protein populations are made by fusing to one population a DNA-binding domain of a transcriptional activator and fusing to the other population an activation domain of a transcriptional activator. When the yeast cells of opposite mating types are mated, productive interactions between members of each protein population functionally reconstitute the two domains of the transcriptional activator and result in reporter gene expression. The disclosed methods allow identification and characterization of new protein-protein interactions that may be relevant to a particular tissue or disease stage. Inhibitors of the identified protein- protein interactions can also be identified by screening for the ability to inhibit expression of the reporter gene. This inhibitor screening method can be performed in multiplex. Other aspects of the invention include information processing methods and systems. The methods and systems provide for assembling and processing of a unified database of sequences and identifying sequences that may be involved in protein-protein interactions.
L'invention concerne des procédés destinés à identifier des interactions protéine-protéine parmi deux populations de protéines, dans lesquelles chaque population de protéines a une complexité au moins égale à 1000. Des protéines hybrides de chaque population sont exprimées dans des cellules de levure de types sexuels opposés. Les populations de protéines hybrides sont obtenues en fondant dans une population un domaine de liaison ADN d'un activateur transcriptionnel et en fondant dans l'autre population le domaine d'activation d'un activateur transcriptionnel. Après conjugaison des cellules de levure de types sexuels opposés, des interactions fécondes entre membres de chaque population de protéines reconstituent fonctionnellement les deux domaines de l'activateur transcriptionnel et donnent lieu à une expression de gène marqueur. Les procédés de l'invention permettent l'identification et la définition de nouvelles interactions protéine-protéine pouvant être utiles pour un stade particulier d'un tissu ou d'une maladie. On peut également identifier des inhibiteurs des interactions protéine-protéine en déterminant leur capacité à inverser une expression de gène marqueur. Cette méthode d'évaluation d'un inhibiteur peut être mise en oeuvre en multiplex. D'autres aspects de l'invention comprennent des méthodes et des systèmes de traitement de l'information. Ces méthodes et systèmes permettent la confection et le traitement d'une base de données unifiée de séquences et d'identification de séquences pouvant être utilisées dans des interactions protéine-protéine.
Kalbfleisch Theodore S.
Knight James R.
Nandabalan Krishnan
Rothberg Jonathan M.
Yang Meijia
Curagen Corporation
Osler Hoskin & Harcourt Llp
LandOfFree
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