Identification of microorganisms causing acute respiratory...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2339035

The present invention relates to a method for the dectection of acute respiratory tract infection (ARI) comprising the simultaneous amplification of several target nucleotide sequences present in a biological sample by means of a primer mixture comprising at least one primer set from each one of the following gene regions: the Fl subunit of the fusion glycoprotein gene for RSV, the hemagglutininneuraminidase gene for PIV-1, the 5' noncoding region of the PIV-3 fusion protein gene, 16 S rRNA sequence for M.pneumoniae, 16 S rRNA sequence for C.pneumoniae, the 5' noncoding region for enterovirus, the non-structural protein gene from influenza A, the non-structural protein gene from influenza B, and the hexon gene for adenoviruses. This multiplex RT- PCR method is particularly preferred because it allows to determine the presence of the following microorganisms which infect the respiratory tract of mainly children in one amplification step: RSV, parainfluenza virus, M.pneumoniae, C.pneumoniae, enterovirus, influenza A and B and adenoviruses. The present invention also relates to a kit for performing the above-mentioned detection method as well as to the individual probes and primers used therein.

L'invention concerne un procédé relatif à l'identification d'une infection respiratoire aiguë, qui consiste à réaliser une amplification simultanée de plusieurs séquences nucléotidiques cibles présentes dans un échantillon biologique, au moyen d'un mélange d'amorces comprenant au moins une série d'amorces de chacun des gènes suivants: sous-unité F1 du gène de la glycoprotéine de fusion pour le virus respiratoire syncytial (RS), gène de l'hémagglutininneuraminidase pour le virus parainfluenza 1 (PIV-1), région 5' non codante du gène de la protéine de fusion pour le PIV-3, séquence d'ARNr 16 S pour le virus M.pneumoniae, séquence d'ARNr 16 S pour le virus C.pneumoniae, région 5' non codante pour l'entérovirus, gène de protéine de type non structurel du virus de la grippe A, gène de protéine de type non structurel du virus de la grippe B, et gène hexonique pour les adénovirus. Ce procédé multiplex de transcrition inverse suivi de la réaction en chaîne de la polymérase RT-PCR est utilisé de préférence, car il permet de déterminer la présence des micro-organismes suivants dans les infections respiratoires, essentiellement chez les enfants, selon une étape d'amplification: RS, virus parainfluenza, M.pneumoniae, C.pneumoniae, entérovirus, grippe A, grippe B et adénovirus. L'invention concerne également un kit qui permet de mettre en oeuvre le procédé de détection susmentionné, ainsi que différentes sondes et amorces correspondantes.

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