Identification of pathogens

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2656713

Disclosed is a method for identification of microbial pathogens in a body fluid sample comprising the following steps: a) providing a body fluid sample; b) lysing the microbial pathogens and performing a nucleic acid amplification reaction on the microbial DNA encoding 16S or 18S rRNA wherein or whereafter the amplified nucleic acids are labelled; c) contacting the labelled amplified nucleic acids of step b) with a microarray comprising on defined areas on the microarray's surface immobilised probes for microbial DNA encoding 16S or 18S rRNA from microbial pathogens; d) detecting the binding of one or more species of the labelled amplified nucleic acids to a probe by detecting a labelled amplified nucleic acid being specifically bound to the microarray; and e) identifying a microbial pathogen in the body fluid sample by correlating the detected binding of the labelled amplified nucleic acids with the defined areas of the immobilised probes for microbial DNA encoding 16S or 18S rRNA from microbial pathogens.

La présente invention concerne un procédé permettant d'identifier des pathogènes microbiens dans un échantillon de fluide corporel. Ledit procédé consiste à : a) obtenir un échantillon de fluide corporel; b) lyser les pathogènes microbiens et effectuer une réaction d'amplification d'acides nucléiques sur l'ADN microbien codant l'ARNr 16S ou 18S au cours de laquelle ou à la suite de laquelle les acides nucléiques sont marqués; c) mettre en contact les acides nucléiques amplifiés et marqués au cours de l'étape b) avec une puce à ADN comprenant sur des zones déterminées de sa surface des sondes fixes destinées à l'ADN microbien codant l'ARNr 16S ou 18S pour les pathogènes microbiens; d) détecter la liaison d'une ou de plusieurs espèces parmi les acides nucléiques amplifiés marqués liés spécifiquement à la puce à ADN; et e) identifier un pathogène microbien dans l'échantillon de fluide corporel par corrélation de la liaison détectée entre les acides nucléiques amplifiés marqués et les zones déterminées des sondes fixes de l'ADN microbien codant l'ARNr 16S ou 18S pour les pathogènes microbiens.

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