Identifying clusters of transcription factor binding sites

Details Identifying clusters of transcription factor binding sites Identifying clusters of transcription factor binding sites

G - Physics

06

F

G06F 19/00 (2006.01) G01N 33/483 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2408268

Identifying clusters of protein binding sites in a nucleotide sequence under analysis. A computerized system determines likelihood parameters for a plurality of known protein binding sites. The likelihood parameter for each protein binding site represents a likelihood that the protein binding site will occur in a nucleotide sequence under analysis relative to a likelihood that the protein binding site will occur in a random nucleotide sequence of a substantially equivalent composition. Selected protein binding sites are grouped as a function of their respective likelihood parameters to determine a likelihood score, which is compared to a predetermined threshold. The selected protein binding sites in the nucleotide sequence are identified as one or more clusters if the likelihood score exceeds the predetermined threshold.

La présente invention concerne l'identification de groupes de liaison de protéines dans un séquence nucléotidique analysée. Un système informatisé détermine des paramètres de vraisemblance pour une pluralité de sites de liaison de protéines connus. Le paramètre de vraisemblance pour chaque site de liaison de protéine représente la vraisemblance que le site de liaison de protéine se trouve dans une séquence nucléotidique analysée par rapport à la vraisemblance que le site de liaison de protéine se situe dans une séquence nucléotidique aléatoire d'une composition sensiblement équivalente. Des sites de liaison de protéines sélectionnés sont groupés en fonction de leurs paramètres de vraisemblance respectifs pour déterminer une valeur de vraisemblance qui est comparée à un seuil prédéfini. les sites de liaison de protéines sélectionnés présents dans la séquence nucléotidique sont identifiés comme formant un ou plusieurs groupes si la valeur de vraisemblance dépasse le seuil prédéfini.

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