G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) G06N 99/00 (2010.01)
Patent
CA 2478878
Methods, systems and apparatus implement techniques for identifying modifications in polypeptides. A set of candidate sequences is identified that includes sequence information potentially corresponding to an unmodified variant of the polypeptide. Peptides derived from the polypeptide are sequenced to identify sequence tags. The sequence tags are compared with sequence information for the set of candidate sequences to identify a candidate sequence containing the sequence tags. For each such sequence tag, the difference between at least one subsequence mass of the corresponding peptide and at least one subsequence mass of the identified candidate sequence is calculated. The candidate sequences containing the sequence tags can be identified by searching a reduced database constructed based on the identified set of candidate sequences.
L'invention porte sur des procédés, sur des systèmes et sur un appareil mettant en oeuvre des techniques pour identifier des modifications dans des polypeptides. On identifie un ensemble de séquences candidates qui comprend des informations de séquences correspondant potentiellement à un variant non modifié du polypeptide. On procède au séquençage des peptides dérivés du polypeptide pour identifier des étiquettes de séquences et on compare ces étiquettes de séquences à des informations de séquence pour l'ensemble des séquences candidates afin d'identifier une séquence candidate contenant les étiquettes de séquences. Pour chaque étiquette de séquence, on calcule la différence entre au moins une masse de sous-séquence du peptide correspondant et au moins une masse de sous-séquence de la séquence candidate identifiée. Il est possible d'identifier les séquences candidates contenant les étiquettes de séquence en recherchant une base de données réduite construite sur la base de l'ensemble identifié de séquences candidates.
Smart & Biggar
Thermo Finnigan Llc
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1647270