G - Physics – 06 – T
Patent
G - Physics
06
T
G06T 7/00 (2006.01) C40B 30/00 (2006.01) C40B 40/00 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G06T 7/40 (2006.01)
Patent
CA 2398795
Expression profiling using DNA microarrays is an important new method for analyzing cellular physiology. In "spotted" microarrays, fluorescently labeled cDNA from experimental and control cells is hybridized to arrayed target DNA and the arrays imaged at two or more wavelengths. Statistical is performed on microarray images and show that non-additive background, high intensity fluctuations across spots, and fabrication artifacts interfere with the accurate determination of intensity information. The probability density distributions generated by pixel-by-pixel analysis of images can be used to measure the precision with which spot intensities are determined. Simple weighting schemes based on these probability distributions are effective in improving significantly the quality of microarray data as it accumulates in a multiexperiment database. Error estimates from image-based metrics should be one component in an explicity probabilistic scheme for the analysis of DNA microarray data.
L'établissement de profils d'expression utilisant des microréseaux d'ADN constitue une nouvelle méthode importante d'analyse de la physiologie cellulaire. Dans des microréseaux "repérés", de l'ADNc marqué de manière fluorescente tiré de cellules expérimentales et témoins est hybridé à de l'ADN cible en réseaux et les réseaux sont reproduits en image à au moins deux longueurs d'ondes. Une analyse statistique est exécutée sur des images de microréseaux et montre qu'un fond sans additif, des fluctuations de haute intensité sur des points, et des artefacts de fabrication perturbent la détermination précise d'informations d'intensité. Les distributions de densité de probabilité produites par une analyse pixel par pixel des images peuvent être utilisées pour mesurer la précision avec laquelle les intensités de points sont déterminées. Des systèmes de pondération simple basés sur ces distributions de probabilité sont efficaces pour améliorer de manière significative la qualité des données de microréseaux, à mesure qu'elles s'accumulent dans une base de données multi-expérience. Des estimations d'erreurs à partir de mesures basées sur des images doivent être une composante dans un système explicitement probabiliste pour l'analyse de données de microréseaux d'ADN.
Brown Carl S.
Goodwin Paul C.
Applied Precision Inc.
Applied Precision Llc
Smart & Biggar
LandOfFree
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