Immunogenic hla-a2 supermotif-restricted peptides

Details Immunogenic hla-a2 supermotif-restricted peptides Immunogenic hla-a2 supermotif-restricted peptides

G - Physics

01

N

G01N 33/68 (2006.01) G01N 33/569 (2006.01)

Patent

CA 2432995

Methods to design vaccines which are effective in individuals bearing A2 supertype alleles are described. Single amino acid substitution analogs of known A2-supertype binding peptides, and large peptide libraries were utilized to rigorously define the peptide binding specificities of A2-supertype molecules. While each molecule was noted to have unique preferences, large overlaps in specificity were found. The presence of the hydrophobic and aliphatic residues L, I, V, M, A, T, and Q in positon 2 of peptide ligands was commonly tolerated by A2-supertype molecules. L, I, V, M, A, and T were tolerated at the C-terminus. While examination of secondary influences on peptide binding revealed allele specific preferences, shared features could also be identified, and were utilized to define an A2-supermotif. Shared features also correlate with cross-reactivity; over 70% of the peptides that bound A*0201 with high affinity were found to bind at least 2 other A2- supertype molecules. Finally, the coefficients for use in the development of algorithms for the prediction of peptide binding to A2-supertype molecules are provided.

L'invention concerne des procédés servant à préparer des vaccins efficaces chez des individus porteurs d'allèles de supertype A2. On a utilisé des analogues simples de substitution amino acide de peptides connus de fixation au supertype A2, ainsi que des banques importantes de peptides afin de définir de façon rigoureuse les spécificités de fixation du peptide aux molécules de supertype A2. Tandis qu'on a remarqué des préférences uniques de chaque molécule, on a découvert des recouvrements de spécificité importants. La présence de résidus hydrophobes et aliphatiques L, I, V, M, A, T et Q dans la position 2 de ligands de peptides, a été normalement tolérée par les molécules de supertype A2. L, I, V, M, A et T ont été tolérés au niveau de la terminaison C. Tandis que l'examen d'influences secondaires sur la fixation du peptide a révélé des préférences spécifiques pour les allèles, on a également pu identifier des caractéristiques partagées, qu'on a utilisées afin de définir un supermotif structural A2. Ces caractéristiques partagées viennent également en corrélation avec une réactivité croisée: on a découvert que plus de 70 % des peptides s'étant fixés à A*0201 avec une affinité élevée se fixaient également à au moins deux autres molécules de supertype A2. L'invention concerne enfin les coefficients permettant d'élaborer des algorithmes servant à prédire la fixation du peptide à des molécules de supertype A2.

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