C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2381987
The present invention provides an improved method of detecting the presence of a nucleotide sequence within a double-stranded DNA in a sample comprising the following steps: a) coating a solid support with a first layer of biotinylated serum albumin, and a second layer of streptaviding having sufficient density to perform efficient microarray analysis; b) digesting the double-stranded DNA with an exonuclease to convert double-stranded to single stranded DNA, derived from a mixture of target cells and other cells, to a single-stranded DNA; c) capturing a first nucleic acid probe adapted by biotin to said coated solid support defined in step a; d) hybridizing (i) the single-stranded DNA with the first nucleic acid probe, and (ii) a second nucleic acid probe labeled with a detectable moiety which can hybridize with the single-stranded DNA adjacent the hybridized first nucleic probe; e) ligating the hybridized first and second nucleic acid probes in case of perfect match only; f) denaturing the ligated first and second nucleic acid probes from the hybridized single- stranded DNA; g) removing non-covalently bound labeled probes and single stranded DNA; and h) detecting captured detectable moiety indicating the presence of the nucleotide sequence within the double-stranded DNA in the sample; wherein steps c.-h. are performed by microarray technique. Also provided is a device and a kit suitable for carrying out said detection method.
La présente invention concerne une technique perfectionnée de détection d'une séquence nucléotidique dans un échantillon d'ADN double brin, consistant à a) recouvrir un support solide d'une première couche d'albumine sérique biotinylée, et d'une seconde couche de streptavidine possédant une densité suffisante pour effectuer une analyse par micro-réseaux efficace; b) à digérer l'ADN double brin avec un exonucléase afin de convertir l'ADN double brin, dérivé d'un mélange de cellules cibles et d'autres cellules, en ADN simple brin; c) à capturer une première sonde d'acide nucléique adaptée à l'aide de biotine au support solide à revêtement défini dans l'étape a.; d) à hybrider (i) l'ADN simple brin avec la première sonde d'acide nucléique, et (ii) une seconde sonde d'acide nucléique étiquetée avec un fragment détectable pouvant s'hybrider avec l'ADN simple brin adjacent à la sonde d'acide nucléique hybridée; e) à ligaturer les première et seconde sondes d'acide nucléique hybridées dans le cas d'une correspondance parfaite; f) à dénaturer les première et seconde sondes d'acide nucléique ligaturées de l'ADN simple brin hybridé; g) à éliminer les sondes étiquetées non liées par covalence et l'ADN simple brin; et h) à détecter un fragment détectable capturé indiquant la présence de la séquence nucléotidique dans l'échantillon d'ADN double brin. Les étapes c.-h. sont réalisées par une technique de micro-réseaux. L'invention concerne également un dispositif et un kit adaptés pour mettre en oeuvre cette technique de détection.
Hardy Katinka
Thunnissen Fredericus Bernardus Josephus Maria
Dot Diagnostics B.v.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1603708