In vitro selection of signaling aptamers

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N

Patent

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C12N 15/11 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 21/64 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01)

Patent

CA 2427109

The present invention provides a method for the "in vitro" selection of signaling aptamers comprising the steps of synthesizing a DNA pool, the DNA having a random insert of nucleotides of a specific skewed mole ratio; amplifying the DNA pool; transcribing an RNA pool from the amplified DNA using a fluorescently labeled nucleotide; applying the fluorescently labeled RNA pool to an affinity column to remove the high-affinity fluorescent RNA molecules from the fluorescently labeld RNA pool; obtaining a cDNA pool from the high-affinity fluorescent RNA molecules; repeating the amplification and selection steps on the fluorescent RNA molecules and cloning the fluorescent RNA molecules to yield signaling aptamers. Signaling aptamers comprising DNA molecules are also selected for. Also provided is a signaling aptamer that transduces the conventional change upon binding a lignad to a change in fluorescence intensity of the signaling aptamer.

L'invention concerne un procédé de sélection in vitro d'aptamères de signalisation consistant à effectuer la synthèse d'un ensemble d'ADN, cet ADN possédant un insert aléatoire de nucléotides de rapport molaire spécifique gauche; à amplifier l'ensemble d'ADN; à transcrire un ensemble d'ARN à partir de l'ADN amplifié à l'aide d'un nucléotide marqué par fluorescence; à appliquer l'ensemble d'ARN marqué par fluorescence à une colonne d'affinité afin de supprimer les molécules d'ARN fluorescentes à affinité élevée de l'ensemble d'ARN marqué par fluorescence; à obtenir un ensemble d'ADNc à partir des molécules d'ARN fluorescentes à affinité élevée; à répéter les étapes d'amplification et de sélection sur les molécules d'ARN fluorescentes, et à cloner lesdites molécules d'ARN fluorescentes de façon à obtenir des aptamères de signalisation. L'invention concerne également des aptamères de signalisation comprenant des molécules d'ADN sélectionnées. Elle concerne enfin un aptamère de signalisation qui transduit la modification de conformation intervenant au moment de sa liaison avec un ligand en une modification d'intensité fluorescente dudit aptamère de signalisation.

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