Internal control and method for surveillance of gap-lcr

Details Internal control and method for surveillance of gap-lcr Internal control and method for surveillance of gap-lcr

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01)

Patent

CA 2227276

There is disclosed an internal control for being used in a "Gap-filling Ligase Chain Reaction" (Gap-LCR). The synthetic oligonucleotide functioning as the internal control has approximately the same length and identical four LCR probe sites as the target nucleic acid. The internal control and the target DNA is consequently amplified in a Gap-LCR with substantially equal efficiency. Additionally the synthetic oligonucleotide is modified in the gap- sequence between the hybridised LCR-probes in such a way that it contains a site for a restriction enzyme. By treating the LCR product with this restriction enzyme, the enzyme will cleave the PCR product from the internal control, whereas the LCR product from the target may be analyzed separately. The disclosed internal control may thus be used both in qualitative and in quantitative LCR-based analyses.

La présente invention se rapporte à un contrôle interne utilisé dans une "réaction en chaîne de la ligase remplissant les intervalles" (Gap-LCR). L'oligonucléotide synthétique fonctionnant comme un contrôle interne possède approximativement la même longueur et les mêmes quatre sites identiques de sonde LCR que l'acide nucléique cible. Par conséquent, le contrôle interne et l'ADN cible sont amplifiés dans une Gap-LCR avec sensiblement la même efficacité. En outre, l'oligonucléotide synthétique est modifié en séquence d'intervalles entre les sondes LCR hybridisées de telle sorte qu'il contient un site pour un enzyme de restriction. En traitant le produit LCR avec cet enzyme de restriction, ce dernier va détacher le produit LCR du contrôle interne, ce qui permettra au produit LCR provenant de la cible d'être analysé séparément. Le contrôle interne de l'invention peut donc être utilisé à la fois pour des analyses à base de LCR qualitatives et quantitatives.

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