Isolation and amplification of nucleic acid materials

Details Isolation and amplification of nucleic acid materials Isolation and amplification of nucleic acid materials

C - Chemistry, Metallurgy

12

N

C12N 15/10 (2006.01) C07H 1/08 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2245888

The invention relates to methods for easily separating single stranded nucleic acid material from double stranded nucleic acid material in a sample containing both. By the right choice of at least one chaotropic agent, preferably a guanidine salt, at a selected concentration and other suitable conditions such as chelating agents, pH and the like, it is possible to bind double stranded material to a solid phase such as silica particles, whereas single stranded material will not bind under those circumstances. By separating the silica particles from the sample the double stranded nucleic acid material is removed. It can easily be eluted from the silica particles. In a second step the single stranded material may be bound to a solid phase by selecting a different set of conditions. The particles can again be separated from the sample and the single stranded material may now be eluted. For every efficient separations, the process may be repeated. Following the separation of the two kinds of nucleic acid, either kind may be amplified. Methods of amplification are provided which do not need sequence data of the material to be amplified. In these methods a primer will be provided with an amplification motif and a random hybridization motif.

L'invention porte sur des techniques permettant de séparer facilement un acide nucléique à simple brin d'un acide nucléique à double brin dans un échantillon les contenant tous les deux. En choisissant judicieusement au moins un agent chaotrope, un sel de guanidine, de préférence, à une concentration sélectionnée à cet effet et d'autres éléments pertinents tels que des agents chélatants et des conditions favorables, pH et analogues, il est possible de lier un matériau à double brin à une phase solide, des particules de silice par exemple, alors qu'un matériau à simple brin ne se fixerait pas dans des situations similaires. Lorsque l'on retire les particules de silice de l'échantillon, on extrait également l'acide nucléique à double brin qu'il est facile d'éluer des particules de silice. On peut, dans une seconde étape, lier le matériau à simple brin à une phase solide si l'on sélectionne un ensemble de conditions différentes. Il est possible d'extraire derechef les particules de silice de l'échantillon et d'éluer alors le matériau simple brin. On peut répéter le processus pour mener à bien une telle séparation et, après avoir séparé les deux sortes d'acide nucléique, on peut procéder à l'amplification de chacune. Cette invention a trait, en outre, à des techniques d'amplification n'exigeant pas des données de séquence du matériau à amplifier, techniques dans le cadre desquelles on fait intervenir une amorce avec un motif d'amplification et un motif d'hybridation aléatoire.

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