G - Physics – 06 – K
Patent
G - Physics
06
K
G06K 9/00 (2006.01) H01J 49/00 (2006.01)
Patent
CA 2607549
A method for analyzing mass spectrometry data of biological and other samples for differential expression and data analysis is provided. The method employs a recursive base peak framing process for grouping spectral data points from sample sets together. Initially, a filtered set or all of the spectral data points in a raw data set are sorted by intensity, a global base peak, the peak of greatest intensity, is identified from the sample sets, and a frame is drawn around the global base peak. The remaining spectral data points are compared to the frame. Those that fit within the frame, and are likely to be associated with the global base peak, are associated with the frame in a database. An additional frame is established around the first spectral data point that does not fit within the defined frame. This spectral data point is a "local base peak," a spectral data point of maximal intensity outside of the frame defined around the global base peak, and therefore not likely related to the global base peak. Subsequent spectral data points are evaluated to determine whether they fit within any previously established frame, and the remaining spectral data points are either consumed by an existing frame, or designated as a local base peak.
La présente invention concerne un procédé d'analyse de données de spectrométrie de masse d'échantillons biologiques et d'autre des échantillons similaires d'analyse d'expression différentielle et d'analyse de données. Ce procédé utilise un processus de cadrage crête-base récursif destiné à regrouper des points de données spectrales d'ensembles d'échantillons. Initialement, un ensemble filtré ou tous les points de données spectrales dans un ensemble de données de rang sont triés par intensité, crête base globale, la crête de plus grande intensité étant identifiée à partir de ces ensembles d'échantillons et, un cadre est tracé autour de la crête base globale. Les points de données spectrales restants sont comparés au cadre. Ceux qui rentre à l'intérieur du cadre et qui sont susceptibles d'être associés à la crête base globale sont associés au cadre dans une base de données. Un cadre additionnel est établi autour du premier point de données spectrales qui n'entre pas dans le cadre défini. Ce point de données spectrales est une crête- base locale, un point de données spectrales d'une intensité maximale en dehors du cadre défini autour de la crête-base globale et, par conséquent vraisemblablement pas associé à la crête base globale. Des points de données spectrales suivants sont évalués de façon à déterminer s'ils rentrent à l'intérieur d'un cadre quelconque établi préalablement et, les points de données spectrales restants sont soit consommés par un cadre existant, soit désignés comme crête base locale.
Freedman Gordon
Thermo Finnigan Llc
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1481493