G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/48 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2378933
Methods and compositions are provided that are useful for detecting and reporting a plurality of different target polynucleotide sequences in a sample, such as polynucleotides corresponding to a plurality of different genes expressed by a cell or cells. In particular, the invention provides methods for screening a plurality of candidate polynucleotide probes to evaluate both the sensitivity and the specificity with which each candidate probe hybridizes to a target polynucleotide sequence. Candidate polynucleotide probes can then be ranked according to both their sensitivity and specificity, and probes that have optimal sensitivity and specificity for a target polynucleotide sequence can be selected. In one embodiment, polynucleotide probes can be selected according to the methods described herein to prepare "screening chips" wherein a large number of target polynucleotide sequences are detected using a single microarray have a few (e.g., 1-5) probes for each target polynucleotide sequence. In a particularly preferred embodiment, the invention provides a screening chip that can detect genetic transcripts from the entire genome of an organism. In an alternative embodiment, polynucleotide probes can be selected according to the methods described herein to prepare "signature chips" to more accurately detect certain selected "signature genes" using several polynucleotide probes (e.g., 10-20) for each signature gene. The invention additionally provides microarrays containing polynucleotide probes for a large number of genes expressed by a cell or organism. Further, methods for detecting a plurality of polynucleotide molecules, including a large number of genes expressed by a cell or organism, are also provided.
L'invention concerne des méthodes et des compositions permettant de détecter et signaler une pluralité de séquences nucléotidiques cibles différentes dans un échantillon, telles que des polynucléotides correspondant à une pluralité de gènes différents exprimés par une ou plusieurs des cellules. Plus particulièrement, l'invention concerne des méthodes de criblage d'une pluralité de sondes polynucléotidiques candidates permettant d'évaluer la sensibilité et la spécificité avec lesquelles chaque sonde candidate s'hybride avec une séquence polynucléotidique cible. Les sondes polynucléotidiques candidates peuvent alors être classées selon leur sensibilité et leur spécificité, et les sondes présentant une sensibilité et une spécificité optimales pour une séquence polynucléotidique cible peuvent être sélectionnées. Dans un mode de réalisation, les sondes polynucléotidiques peuvent être sélectionnées selon les méthodes décrites ci-dessus, d'où la préparation de <= puces de criblage >=, un grand nombre de séquences polynucléotidiques cibles étant détectées au moyen d'un seul jeu ordonné de microéchantillons comprenant quelques sondes (entre 1 et 5, par exemple) pour chaque séquence polynucléotidique cible. Dans un mode de réalisation préféré, l'invention concerne une puce de criblage capable de détecter des transcrits génétiques dans tout le génome d'un organisme. Dans un autre mode de réalisation, des sondes polynucléotidiques peuvent être sélectionnées selon les méthodes décrites ci-dessus pour la préparation de <= puces signature >= servant à détecter certains <= gènes signature >= sélectionnés avec davantagede précision à l'aide de plusieurs sondes polynucléotidiques (entre 10 et 20, par exemple) pour chaque gène signature. L'invention concerne en outre des jeux ordonnés de microéchantillons contenant des sondes polynucléotidiques pour un grand nombre de gènes exprimés par une cellule ou un organisme. Elle se rapporte enfin à des méthodes de détection d'une pluralité de molécules polynucléotidiques, dont un grand nombre de gènes exprimés par une cellule ou un organisme.
Burchard Julja
Friend Stephen H.
Linsley Peter S.
Stoughton Roland
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
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