Knockout identification of target-specific sites in peptides

G - Physics – 01 – N

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G01N 33/566 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) C40B 40/08 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

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CA 2516750

The invention provides methods for identification and determination of target- specific sites in peptides and proteins, including a method for determining the primary sequence of a secondary structure within a known parent polypeptide that binds to the target of interest. In one embodiment of the invention, a residue or mimetic containing a nitrogen atom and a sulfur atom available for binding to a metal ion is serially substituted for single residues in or inserted between adjacent residues in a known primary sequence of a peptide or protein. The resulting sequence is complexed with a metal ion thereby forming a metallopeptide. The resulting metallopeptides are then used in binding or functional assays related to the target of interest, and the metallopeptide(s) which result in significant or substantially decreased or changed binding or functionality are determined to identify the primary sequence involved in such binding or functionality.

Méthodes d'identification et de détermination de sites spécifiques de cibles dans des peptides et des protéines, y compris une méthode de détermination de la séquence primaire d'une structure secondaire au sein d'un polypeptide parent connu qui se lie à la cible étudiée. Dans un mode de réalisation de la présente invention, un reste ou mimétique contenant un atome d'azote ou un atome de soufre pouvant se lier à un ion métallique est substitué en série à des restes uniques dans des restes adjacents ou inséré entre des restes adjacents dans une séquence primaire connue d'un peptide ou d'une protéine. La séquence résultante est amenée à former un complexe avec un ion métallique, formant ainsi un métallopeptide. Les métallopeptides obtenus sont ensuite utilisés dans des essais de liaison ou fonctionnels relatifs à la cible étudiée, et le (ou les) métallopeptide(s) qui entraîne(nt) une réduction ou une modification significative ou importante de la capacité de liaison ou de la fonctionnalité est (sont) déterminé(s) pour identifier la séquence primaire impliquée dans cette capacité de liaison ou cette fonctionnalité.

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