Long oligonucleotide arrays

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) B01J 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2388703

Long oligonucleotide arrays, as well as methods for their preparation and use in hybridization assays, are provided. The subject arrays are characterized in that at least a portion of the probes of the array, and usually all of the probes of the array, are long oligonucleotides, e.g. oligonucleotides having a length of from about 50 to 120 nt. Each long oligonucleotide probe on the array is preferably chosen to exhibit substantially the same high target binding efficiency and substantially the same low non-specific binding under conditions in which the array is employed. The subject arrays find use in a number of different applications, e.g. differential gene expression analysis.

L'invention concerne des jeux ordonnés d'échantillons d'oligonucléotides longs ainsi que des procédés servant à leur préparation et à leur utilisation dans des jeux ordonnés d'échantillons d'hybridation. Les jeux ordonnés d'échantillons sujets sont caractérisés par le fait que, au moins, dans une partie des sondes du jeu d'échantillons et en général, dans toutes les sondes de ce même jeu, on trouve des oligonucléotides longs, par exemple, des oligonucléotides dont la longueur est comprise entre 50 et 120 nt environ. Chaque sonde d'oligonucléotide long incluse dans le jeu d'échantillons est choisie de préférence afin de présenter quasiment la même efficacité de liaison forte avec la cible et quasiment la même liaison non-spécifique faible dans les conditions d'utilisation du jeu. Les jeux sujets peuvent servir dans un certain nombre d'applications différentes, par exemple, l'analyse d'expression génique différentielle.

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