Materials and methods for detection of nucleic acids

Details Materials and methods for detection of nucleic acids Materials and methods for detection of nucleic acids

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2409309

Assays using non-natural bases are described. In one embodiment, the method involves contacting a sample suspected of containing the target nucleic acid with a polymerase and first and second primers; amplifying the target nucleic acid, if present in the sample, by PCR using the first and second primers to generate an amplification product having a double-stranded region and a single- stranded region that comprises the non-natural base; contacting the sample with a reporter comprising a label and a non-natural base that is complementary to the non-natural base of the single-stranded region; annealing at least a portion of the reporter to the single-stranded region of the amplification product; cleaving, after annealing, at least a portion of the reporter to release at least one reporter fragment; and correlating the release of the at least one reporter fragment with the presence of the target nucleic acid in the sample. The invention also provides corresponding kits for use in detecting target nucleic acids in a sample. Alternatively, the reporter can be incorporated into the amplification product rather than annealing and then cleaving.

L'invention concerne des dosages dans lesquels on utilise des bases non naturelles. Dans un mode de réalisation, le procédé de l'invention comprend les étapes suivantes consistant: à mettre en contact un échantillon, censé contenir l'acide nucléique cible, avec une polymérase et des première et seconde amorces, à amplifier l'acide nucléique cible, s'il est présent dans l'échantillon, à l'aide d'une réaction PCR mettant en oeuvre les première et seconde amorces, de manière à obtenir un produit d'amplification possédant une région double brin, ainsi qu'une région monobrin qui comporte la base non naturelle, à mettre en contact l'échantillon avec un marqueur comprenant une étiquette et une base non naturelle complémentaire de la base non naturelle de la région monobrin, à hybrider au moins une portion du marqueur sur la région monobrin du produit d'amplification, à cliver, après hybridation, au moins une portion du marqueur de manière à libérer au moins un fragment du marqueur, et à corréler la libération de ce fragment avec la présence de l'acide nucléique cible, dans l'échantillon. L'invention concerne également des nécessaires correspondants, utiles pour détecter des acides nucléiques cibles dans un échantillon. Dans un autre mode de réalisation, le marqueur peut être incorporé dans le produit d'amplification plutôt que d'être hybridé puis clivé.

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Profile ID: LFCA-PAI-O-2007104