C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2374588
The present invention relates to a highly accurate and reproducible mathematically-based methodology for quantifying the levels of differential gene expression from microassay protocols. Specifically, the present invention provides a simple deductive approach, grounded in a Bayesian framework, to circumvent the heuristic-based limitation of previous methodologies. Rather than seeking a point-estimate of the fold-change of the level of gene expression, the present invention utilizes the derivation of mathematical formula to determine the a posteriori distribution of all the fold-changes of differential gene expression which may be inferred from the given measurements. From this a posteriori distribution the following information may be obtained: (i) an estimator for the fold-change of the level of gene expression; (ii) confidence limits for the fold-change, at any given confidence level; and (iii) a P-value for assessing the statistical significance of change. The present invention also possesses the advantage that fold-change estimates and confidence limits may even be assigned to signal pairs where both signals are zero or negative, without resorting to heuristic thresholds. Image
La présente invention concerne une méthodologie reproductible et d'une extrême précision fondée sur les mathématiques qui permet de quantifier les niveaux d'expression génique différentielle à partir de protocoles de microdosage. De manière plus spécifique, cette invention porte sur une approche déductive simple qui est fondée sur une statistique bayésienne et élimine par conséquent les limitations de l'approche heuristique des méthodologies antérieures. Plutôt que de rechercher une estimation ponctuelle du changement de torsion du niveau d'expression génique, on utilise dans cette invention la fonction dérivée de formules mathématiques pour déterminer la distribution <i>a posteriori</i> de tous les changements de torsion d'expression génique différentielle qui peut être inférée des mesures données. A partir de cette distribution <i>a posteriori</i> on peut obtenir les informations suivantes: (i) un estimateur du changement de torsion du niveau d'expression génique; (ii) des limites de confiance pour le changement de torsion, à n'importe quel niveau de confiance donné; et (iii) une valeur P permettant d'estimer la signification statistique du changement. La présente invention présente également l'avantage que les estimations de changement de torsion et que les limites de confiance peuvent même être affectées à des paires de signaux où les deux signaux sont égal à zéro ou bien négatifs, sans devoir recourir à des seuils heuristiques.
Bushnell Steven
Fuchs Rainer
Theilhaber Joachim
Aventis Pharmaceuticals Inc.
Aventisub II Inc.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1344072