G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 27/447 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2259314
Data traces from four channels of an automated electrophoresis detection apparatus are aligned by identifying peaks in each of the four data traces; optionally normalizing the data traces to achieve a uniform peak height; combining the four data traces in an initial alignment; and determining coefficients of shift and stretch for selected data points within each data trace. The coefficients are determined by optimizing a cost function which reflects the extent of overlap of peaks in the combined normalized data traces to which the coefficients have been applied. The cost function is optimized when the extent of overlap is at a minimum. The coefficients are then used to generate a warp function for each data trace. These warp functions are applied to their respective data traces to produce four warped data traces which are aligned to form an aligned data set. The aligned data set may be displayed on a video screen of a sequencing apparatus, or may be used as the data set for a base-calling process.
Cette invention concerne un procédé d'alignement des variables de données qui proviennent de quatre canaux d'un appareil de détection automatique par électrophorèse, cet alignement se faisant en identifiant les crêtes de chacune des quatre variables de données. Les variables de données peuvent le cas échéant être normalisées de manière à obtenir une hauteur des crêtes qui soit uniforme. Les quatre variables de données sont ensuite combinées en un alignement initial, après quoi on détermine les coefficients de décalage et d'étirement pour des points de données choisis à l'intérieur de chaque variable de données. Ces coefficients sont déterminés en optimisant une fonction coût, laquelle reflète l'étendue du chevauchement des crêtes dans les variables de données normalisées et combinées auxquelles les coefficients ont été appliqués. La fonction coût est optimisée lorsque l'étendue du chevauchement est à son minimum. Les coefficients sont ensuite utilisés afin de générer une fonction de déformation pour chacune des variables de données. Ces fonctions de déformation sont appliquées à leurs variables de données respectives, ceci de manière à produire quatre variables de données déformées qui sont ensuite alignées afin d'obtenir un ensemble de données alignées. Cet ensemble de données alignées peut être affiché sur l'écran vidéo d'un appareil de séquençage ou, encore, être utilisé comme un ensemble de données en vue d'un processus d'interprétation.
Chi Vrijmoed
Gilchrist Rodney D.
Bayer Healthcare Llc
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
Method and apparatus for alignment of signals for use in dna... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Method and apparatus for alignment of signals for use in dna..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Method and apparatus for alignment of signals for use in dna... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1665004