C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) B01J 19/00 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01)
Patent
CA 2406618
The sequence of a target DNA molecule is determined by preparing four chain termination reaction mixtures, one for each base type. The first set of fragments, indicative of the positions of a first type of base, are labeled with a first fluorescent label. The second set of fragments, indicative of the positions of a second type of base, are labeled with a second fluorescent label different from the first fluorescent label. The third set of fragments, indicative of the positions of a third type of base, are labeled with a third fluorescent label, different from the first and second fluorescent labels or with at least two labels, including at least one fluorescent label selected from among the first, second and third fluorescent labels. The fourth set of fragments, indicative of the positions of a fourth type of base, are labeled differently from the third set of chain-termination fragments and with at least two different species of labels including at least one fluorescent label selected from among the first, second and third fluorescent labels. Thus, a total of only three fluorescent labels are required to label the DNA sequencing fragments. The first, second, third and fourth sets of chain- termination fragments are loaded onto the same lane of an electrophoresis separation medium and separated in an electric field. The separated fragments are detected in real-time as they migrate in the electrophoresis separation medium by irradiating the separated fragments with an excitation beam and collecting light emitted by the fluorescent labels in three optical channels. The signals from three optical channels are evaluated to determine a DNA sequence for the target species. This evaluation can be done with a specifically programmed computer.
On détermine la séquence d'une molécule d'ADN cible en préparant quatre mélanges de réaction de terminaison de chaîne, un pour chaque type de base. On étiquette la première série de fragments indiquant les positions d'un premier type de base au moyen d'une première étiquette fluorescente. On étiquette la seconde série de fragments indiquant les positions d'un second type de base avec une seconde étiquette fluorescente différente de la première. On étiquette la troisième série de fragments indiquant les positions d'un troisième type de base avec une troisième étiquette fluorescente différente des première et seconde étiquettes ou avec au moins deux étiquettes comprenant au moins une étiquette fluorescente sélectionnées parmi les première, seconde et troisième étiquettes fluorescentes. On étiquette la quatrième série de fragments indiquant les positions d'un quatrième type de base de manière différente à la troisième série de fragments à terminaison de chaîne et au moyen d'au moins deux espèces différentes d'étiquettes, y compris au moins une étiquette fluorescente sélectionnée parmi les première, seconde et troisième étiquettes fluorescentes. Ainsi, on a besoin d'un total de trois étiquettes fluorescentes uniquement pour étiqueter les fragments de séquençage d'ADN. Les première, seconde, troisième et quatrième série de fragments de terminaison de chaîne sont chargées sur la même file d'un milieu de séparation par électrophorèse et sont séparées dans un champ électrique. On détecte les fragments séparés en temps réel, alors qu'ils migrent dans le milieu de séparation par électrophorèse par irradiation des fragments séparés à l'aide d'un faisceau d'excitation et par collecte de la lumière émise par les étiquettes fluorescentes dans trois voies optiques. On évalue les signaux des trois voies optiques pour déterminer une séquence d'ADN pour les espèces cibles. On peut réaliser cette évaluation à l'aide d'un ordinateur spécialement programmé.
Bayer Healthcare Llc
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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