C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) G06F 7/08 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2235860
This invention provides methods by which biologically derived DNA sequences in a mixed sample or in an arrayed single sequence clone can be determined and classified without sequencing. The methods make use of information on the presence of carefully chosen target subsequences, typically of length from 4 to 8 base pairs, and preferably the length between target subsequences in a sample DNA sequence together with DNA sequence databases containing lists of sequences likely to be present in the sample to determine a sample sequence. The preferred method uses restriction endonucleases to recognize target subsequences and cut the sample sequence. Then carefully chosen recognition moieties are ligated to the cut fragments, the fragments amplified, and the experimental observation made. Polymerase chain reaction (PCR) is the preferred method of amplification. Several alternative embodiments are described which are capable of increased discrimination and which use TypeIIS restriction endonucleases, various capture moieties, or samples of specially synthesized cDNA. Another embodiment of the invention uses information on the presence or absence of carefully chosen target subsequences in a single sequence clone together with DNA sequence databases to determine the clone sequence. Computer implemented methods are provided to analyze the experimental results and to determine the sample sequences in question and to carefully choose target subsequences in order that experiments yield a maximum amount of information.
L'invention fournit des méthodes par lesquelles des séquences d'ADN obtenues par des moyens biologiques dans un échantillon mixte ou dans des clones de séquences uniques disposés en grille dans une boîte de Pétri peuvent être identifiées et classées sans séquençage. Les méthodes utilisent l'information sur la présence de sous-séquences cibles soigneusement choisies, typiquement de la longueur de 4 à 8 paires de bases et, de préférence, de la longueur entre les sous-séquences cibles dans une séquence d'ADN échantillon avec les bases de données sur les séquences d'ADN contenant les listes de séquences susceptibles d'être présentes dans l'échantillon pour identifier la séquence d'un échantillon. La méthode préférée utilise des endonucléases de restriction pour reconnaître les sous-séquences cibles et couper la séquence de l'échantillon. Ensuite, il y a ligature des fractions reconnues choisies avec soin aux fragments coupés, amplification des fragments et observation des résultats de l'expérience. La réaction en chaîne de la polymérase (PCR) est la méthode d'amplification préférée. Plusieurs autres versions qui sont décrites sont capables d'une discrimination accrue et utilisent des endonucléases de restriction de Type IIS, diverses fractions de capture ou des échantillons d'ADNc spécialement synthétisés. Une autre version de l'invention utilise l'information sur la présence ou l'absence de sous-séquences cibles soigneusement choisies dans un clone de séquence unique avec les bases de données sur les séquences d'ADN afin d'identifier la séquence du clone. Des méthodes appliquées par ordinateur sont fournies pour analyser les résultats expérimentaux et identifier les séquences de l'échantillon en question et pour choisir avec soin les sous-séquences cibles afin que les expériences donnent le maximum d'information.
Deem Michael W.
Rothberg Jonathan M.
Simpson John W.
Curagen Corporation
Osler Hoskin & Harcourt Llp
LandOfFree
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