G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/30 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2599382
A system and method for performing biological sequence similarity searching is disclosed. This includes a programmable logic device configured to include a pipeline that comprises a matching stage, the matching stage being configured to receive a data stream comprising a plurality of possible matches between a plurality of biological sequence data strings and a plurality of substrings of a query string. The pipeline may further include a ungapped extension prefilter stage located downstream from the matching stage, the prefilter stage being configured to shift through pattern matches between the biological sequence data strings and the plurality of substrings of a query string and provide a score so that only pattern matches that exceed a user defined score will pass downstream from the prefilter stage. The matching stage may include at least one Bloom filter.
La présente invention se rapporte à un système et à un procédé permettant d'effectuer une recherche de similarité de séquences biologiques. Le système selon l'invention comprend un dispositif logique programmable, configuré pour comporter un pipeline possédant un étage d'appariement, ce dernier étant adapté pour recevoir un flux de données renfermant une pluralité de concordances possibles entre une pluralité de chaînes de données de séquences biologiques et une pluralité de sous-chaînes d'une chaîne de requête. Le pipeline peut également comprendre un étage de préfiltrage d'extension sans indels, situé en aval de l'étage d'appariement, l'étage de préfiltrage étant adapté pour passer en revue les concordances de formes entre les chaînes de données de séquences biologiques et la pluralité de sous-chaînes d'une chaîne de requête, et pour fournir un score tel que seules les concordances de formes qui dépassent un score défini par l'utilisateur passeront en aval de l'étage de préfiltrage. L'étage d'appariement peut comporter au moins un filtre Bloom.
Buhler Jeremy Daniel
Chamberlain Roger Dean
Franklin Mark Allen
Gyang Kwame
Jacob Arpith Chacko
Mcfadden Fincham
Washington University
LandOfFree
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