G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/22 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2705216
For assessing classification annotations assigned to DNA sequences stored in a reference database, the DNA sequences are grouped by species (Si) using established classification schemes. Subsequently, a measure of distance between pairs of DNA sequences is determined (S41) by aligning (S31) the respective sequences and determining the measure of distance (S41 ) based on a score of similarity between the aligned DNA se-quences. Determined are one or more centroid sequences (S42) which have the shortest aggregate measure of distance to the other DNA sequences in the respective group (species). Assigned to the DNA sequences (S5) as a quantitative confidence level for their classification annotations is in each case the measure of distance between the respective DNA sequence and the centroid sequence. The assessment and rating of the classification annotations with these confidence levels make it possible to provide to a user a quantitative indication of the degree of representativeness of a DNA sequence for a particular species.
Pour évaluer des annotations de classification attribuées à des séquences d'ADN stockées dans une base de données de référence, les séquences d'ADN sont groupées par espèce (S1) à l'aide de schémas de classification établis. Par la suite, une mesure de la distance entre des paires de séquences d'ADN est déterminée (S41) grâce à l'alignement (S31) des séquences respectives et à la détermination de la mesure de la distance (S41) sur la base d'une note de similarité entre les séquences d'ADN alignées. Une ou plusieurs séquences centroïdes qui présentent la plus petite mesure d'agrégat de distance par rapport aux autres séquences d'ADN dans le groupe respectif (espèce) sont déterminées (S42). Dans chaque cas, la mesure de la distance entre la séquence d'ADN respective et la séquence centroïde est attribuée aux séquences d'ADN (S5) sous forme d'un niveau de confiance quantitatif pour leurs annotations de classification. L'évaluation et le classement des annotations de classification avec ces niveaux de confiance permettent de donner à un utilisateur une indication quantitative du degré de représentativité d'une séquence d'ADN pour une espèce particulière.
Emler Stefan
Michel Pierre-Andre
Cassan Maclean
Smartgene Gmbh
LandOfFree
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