C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2302810
Amplification primer and sequencing primer sites have been identified which permit sequence-based typing of each of the classical HLA genes in highly robust and consistent reactions without allelic dropout. To determine the DNA sequence, and thus the type of at least one exon of an HLA-A, HLA-B and HLA-C gene present in a sample, the sample is combined with an amplification reaction mixture containing the amplification primers and amplified to form an amplification product including exon 2 and exon 3 of the gene together in a single fragment. The amplification product is then combined with a sequencing reaction mixture containing one or more oligonucleotide sequencing primers which hybridize to conserved regions of the amplification product. The oligonucleotide sequencing primers between them are effective to produce sequencing fragments from all known alleles of exon 2 or exon 3 of the gene under suitable conditions to produce sequencing fragments. The sequencing fragments are then evaluated to determine the sequence of exon 2 or exon 3 of the gene in the sample.
La présente invention concerne l'identification de sites d'amorce d'amplification et d'amorce de séquençage qui permettent le typage basé sur la séquence de chacun des gènes HLA classiques dans des réactions d'une solidité et d'une stabilité élevées sans perte d'allèle. Pour déterminer la séquence d'ADN, et par conséquent le type d'au moins un exon d'un gène HLA-A, HLA-B et HLA-C présent dans l'échantillon, on combine l'échantillon avec un mélange réactionnel d'amplification contenant les amorces d'amplification et on l'amplifie pour former un produit d'amplification comprenant l'exon 2 et l'exon 3 du gène dans un seul fragment. On combine alors le produit de l'amplification avec un mélange réactionnel de séquençage contenant un ou plusieurs oligonucléotides amorces de séquençage qui s'hybrident avec les régions conservées du produit de l'amplification. Les oligonucléotides amorces de séquençage produisent de façon efficace des fragments de séquençage de tous les allèles connus de l'exon 2 ou de l'exon 3 du gène dans des conditions appropriées à la production de fragments de séquençage. On évalue ensuite les fragments de séquençage pour déterminer la séquence de l'exon 2 ou de l'exon 3 du gène de l'échantillon.
Garey Caroline Elizabeth
Leushner James
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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