C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2302201
A streamlined, hierarchical method for obtaining information about the allelic type of a sample of genetic material derived from an HIV-infected sample relies on the observation that 93-95 % of the known mutational variants of the reverse transcriptase and protease genes of HIV-1 can be determined by evaluating the positions of the A and T nucleotides within the sample. Thus, a substantial fraction of all mutational variations can be unequivocally identified by performing two initial sequencing reactions on the sample in which only ddA and ddT are used as chain terminators. For the small fraction of samples which are not identifiable based on the positions of these two bases, a second test is performed in which the sequence is determined in the 3'-direction for all four bases. This test will identify substantially all of the remaining samples. For those for which an ambiguity remains, however, a final test in which the sequence of the sample is determined in both the 3' and 5-direction for all four bases in performed. To perform the method, reagents suitable for performing the three tests within the hierarchy are suitably packaged as a kit containing two or more sub-kits. The first sub-kit contains reagents for performing A and T sequencing. The additional sub-kits contain reagents for performing a four-base sequence determination on one or both strands of the target DNA.
L'invention concerne un procédé rationalisé et hiérarchique permettant d'obtenir des informations sur le type allélique d'un échantillon de matériel génétique dérivé d'un échantillon infecté par VIH. On peut déterminer entre 93 et 95 % des variants mutationnels connus des gènes de transcriptase inverse et de protéase de VIH-1 en évaluant les positions des nucléotides A et T à l'intérieur de l'échantillon. Ainsi, on peut identifier de manière univoque une portion considérable de toutes les variations mutationnelles en effectuant deux réactions de séquençage initiales sur l'échantillon dans lequel seuls les ddA et ddT sont utilisés comme agents de terminaison de chaîne. Pour la petite proportion d'échantillons qui ne sont pas identifiables en fonction des positions de ces deux bases, on effectue une seconde épreuve au cours de laquelle on détermine la séquence dans la direction 3' pour les quatre bases. Cette épreuve permet d'identifier sensiblement tous les échantillons restants. Pour ceux pour lesquels une ambiguïté subsiste, on effectue une épreuve finale dans laquelle la séquence de l'échantillon est déterminée dans les directions 3' et 5' pour les quatre bases. Pour mettre en oeuvre ce procédé, les réactifs convenant à la réalisation de ces trois épreuves dans l'ordre hiérarchique sont convenablement emballés sous forme d'ensemble de matériel contenant deux ou plusieurs sous-ensembles. Le premier sous-ensemble renferme des réactifs destinés à effectuer le séquençage A et T. Les sous-ensembles supplémentaires renferment des réactifs destinés à effectuer une détermination d'une séquence à quatre bases sur un ou plusieurs brins de l'ADN cible.
Dunn James M.
Lacroix Jean-Michel
Bayer Healthcare Llc
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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